Aangezien de kerkeraad van de Nederlands Hervormde Gemeente vooral bij het ontstaan van het weeshuis een centrale rol heeft gespeeld, is het logisch dat de eerste vermelding over het archief van het weeshuis in de notulen van de kerkeraad te vinden is. In de vergadering van 17 juli 1642 wordt gezegd dat "... dr.Luls als controlleur vant weeshuys sal 2 boucken versorgen om int een d'oprichtinge vant weeshuys ende resolutiën, vande weesmeesters ende int ander de rekeningen aen te teykenen". *  Negen jaar later beslissen de regenten een journaal aan te leggen, alsmede een boek met gegevens over de binnenweesvader, de weeskinderen, de schoolmeester "... en wat meer daer inne noodig goet sal gevonden woorden te notteeren, om tot aller tijt te moegen hebben naerzichtinge...". Ook moet de schoolmeester een "memorial" schrijven waar het dagelijks menu in gen
oteerd wordt. *  De aangroei van het aantal archiefbescheiden verplicht de regenten in 1651 "een coffer te ...macken, om inde vergader camer te stellen om daerin eenen ende anderen bocken, pampieren ende etc. op te sluijtten..." *  Dit neemt niet weg dat de regent-voorzitter, de jaarstukken en notulen die hij voor zijn administratie nodig heeft, thuis bewaart. De volledigheid van het archief is daardoor direct afhankelijk van het wel en wee van deze persoon. Ondanks het feit dat de voorzitters-regenten hun taak altijd nauwgezet vervuld hebben, kon het archief ook buiten hun wil in gevaar komen. In 1675 bijvoorbeeld overlijdt regent-voorzitter Thijns voor het aflopen van zijn ambtstermijn. Er wordt twee maal naar de-intussen verhuisde-weduwe geschreven om de papieren op te sturen. Men gaat haar in Aken opzoeken, maar daar blijkt dat de stukken in Den Haag zijn achtergelaten. Dankzij de vasthoudendheid van de
regen

Het archief verandert van eigenaar door het besluit van 24 brumaire an VI (14 november 1797). De Franse overheid wijst alle documenten, acten, registers, kadasters, actieve en passieve schuldvorderingen, rekeningen van inkomsten en uitgaven en andere stukken van de diverse gasthuizen-waaronder het weeshuis-toe aan de "Commission Administrative des Hospices Civils". *  Uit de vergadering van 7 maart 1815 van het Burgerlijk Armbestuur, de opvolger van de Commission Administrative, blijkt dat de regenten van het gereformeerd weeshuis hun archiefstukken na de restauratie teruggevraagd en teruggekregen hebben. *  Het is onwaarschijnlijk dat het archief in 1815 nog compleet is. Deels door de soms turbulente gebeurtenissen, deels door de relatieve onbelangrijkheid van bepaalde stukken voor de tijdgenoten, is het aannemelijker dat de in 1815 geresti
tueerde documenten bestaan uit de resoluties, de registers van rekeningen en de weinige manualen die nu nog van het Ancien Régime-archief over zijn. Dat het archief ook voor de negentiende eeuw niet compleet is, wordt verklaard door de notulen van 17 maart 1897: "Door den secretaris werd het voorstel gedaan om die twee kasten die vol met oude registers en papieren lagen, deze eens op een avond met de heeren, allen te ziften (waartoe de heeren bereid waren en dit zoude geschieden op woensdag 24 maart 1897 ten 8 ure)...". *  Voor de overblijvende archiefstukken laat het college nog eens een grote kist maken, met de bedoeling dit deel van het archief op zolder te zetten.

In 1910 brengt men een kleine wijziging aan in de conservatie van het archief; een regent met de functie van secretaris-penningmeester houdt voortaan de notulen bij. Door het plotseling overlijden van secretaris-penningmeester Kortebos ontbreken de notulen van de periode 1934-1948. Uit inlichtingen, ons verschaft door de nabestaanden, blijkt dat deze stukken naar alle waarschijnlijkheid verloren gegaan zijn. Dit verklaart ook waarom het aantal bescheiden uit de oorlogsperiode zo gering is. *  Regent Kortebos heeft echter wel alle zorg voor het archief gedragen; in 1955 blijkt dat hij het archief van het weeshuis, met uitzondering van het deel dat hij voor het notuleren gebruikte, in een bankkluis bewaarde. *  De toenmalige regenten wisten hier niets van; men waande het archief verloren.

Uit bezorgdheid voor het archief draagt het college de bescheiden van voor de tweede wereldoorlog in 1976 over aan de gemeentelijke archiefdienst van Maastricht. Na de sluiting van het kinderhuis in 1979 vinden de stukken van na de tweede wereldoorlog-dankzij de welwillende medewerking van de ex-secretarissen en bestuursleden-eveneens hun weg naar het archief.