De onderhavige inventaris is een getrouwe weerspiegeling van de taken van de archiefvormers, zoals die blijken uit het bewaard gebleven archief. De aard van de archivalia leidde tot de volgende indeling:
I. Archief van de heerlijkheid.
II. Archief van de schepenbank.
III. Archief van de schepenbank Cartils.
IV. Gedeponeerde archieven.
V. Handschriften, drukwerk en varia.

Van herstel van een eventuele "oude orde" kon, gezien de wederwaardigheden van het archief, überhaupt geen sprake zijn. De nummers, die op sommige stukken en registers zijn aangebracht, zijn niet bruikbaar, niet in het minst omdat er geen inventaris bestaat.

Het bleek zelfs niet altijd mogelijk heerlijkheids-en schepenbankarchief nauwkeurig te scheiden. In de jaren 1630 en 1640 bundelde en liasseerde de vrouwe van Wijlre, Anna van Nesselrode-Ereshoven, weduwe van Johan van Binsveld, een aantal stukken betreffende het afwenden van militaire overlast, gericht aan haarzelf als vrouwe van Wijlre, stukken betreffende het beheer van de financiën van de parochie, alsmede stukken gericht aan de schepenbank en aan externe raadslieden. *  Dit voorbeeld, dat met vele te vermenigvuldigen is, toont aan dat reeds in de zeventiende eeuw het beginsel van het 'respect des fonds' niet altijd gold, dat stukken regelmatig over en weer, van de heer naar de schepenbank en omgekeerd, werden doorgestuurd en vervolgens bij de ene of bij de andere instantie bewaard. Voor de inventarisator was het niet mogelijk hier een (kunstmatige) scheiding in aan te brengen. Hetzelfde geldt voor rekesten, die werden gericht aan de heer, maar afgehandeld door de schepenbank, en derhalve bewaard blijven in het archief van de schepenbank. Er zijn dus, in het kader van de inventarisatie, geen krampachtige pogingen ondernomen om te komen tot wat slechts een kunstmatige historische reconstructie zou zijn van een perfect gescheiden heerlijkheids- en schepenbankarchief. Indeling bij het heerlijkheidsarchief geschiedde op grond van de aard van de stukken, hun destinataris of de aard van duidelijke dorsale aantekeningen. Op grond van het laatstgenoemde zijn bijvoorbeeld bepaalde stukken betreffende het afwikkelen van militaire vorderingen ingedeeld in het archief van de heer, andere in het archief van de schepenbank.

Hetzelfde probleem deed zich voor bij de bescheiden betreffende het financieel beheer van de parochie. Ook de kerkrekeningen werden regelmatig naar de heer of de vrouwe gestuurd, nagekeken, eventueel geliasseerd met andere stukken, en daarna al dan niet teruggestuurd naar Wijlre. Bijkomend probleem was ook hier de toebedeling van de heden aanwezige stukken aan het archief van de heer of aan het archief van de schepenbank.

Gezien de grote hiaten kon in vele gevallen een aantal stukken niet met volstrekte zekerheid geplaatst worden. Zo zijn er veel bijlagen van rekeningen, die bij gebrek aan de corresponderende rekening, niet met zekerheid gedateerd konden worden.

De inventarisatie is dus verricht volgens het bij het Rijksarchief in Limburg al decennia lang beproefde schema, en heeft ook voor Wijlre geleid tot een zo goed mogelijke inventaris, die het archief ontsluit en bruikbaar maakt voor historisch onderzoek.