Ondanks de grote hiaten die het archief heden ten dage vertoont, hebben de archiefvormers wel degelijk goede zorg gehad voor het archief. Er is een ordonnantie bewaard gebleven, van circa 1722, waarin instructies gegeven worden over het beheer van het archief *  :

Ongefehrliche Verzeichnus und anweisung dessen was zu einer ordentlichen justitz und Policey in der reichsherrschafft Wijlre anzuordnen.

1mo. für allem sich eines accuraten denen reichsherrschafften fur anderen besonder erlaubten archivij zu befleiBigen,

2do. hierzu drey schancken zu verfertigen, in welchen einen die das dominium territoriale und alle zeitlichen landth.n betreffende regalia, jurisdictionalia dessem herrschafftliche mandementen und Verordnungen und in welchen stande diefies und jenes sich befindet und wie die dagegen eingeschlichene a be??? zu redressiren und würcklich redressirt werden ordentlich begriffen folgents die fiscalia gemeinzaufbungen (?), Landmessungen, erb-und enterbungs bücher Curmüden ZinBen Lehnen acciBen begüchten Emenden schatz Contributionen und stewrsachen Limiten Pastoralia Kirchen Küsterey Hospital und armen nachricht-und rechnungen.

Im anderen die jemahlen für dasigen Landgericht geschwebte und abgemachen alle rechts sachen und lm drillen die noch würcklich anhaltende und für gericht schwebende parthey sachen und Verfölgern es seyen dieselbe judicialiter oder extrajudicialiter introduciret, sambt denen hierzu besonder einzurichten seyenden protocollii und dem Protocollo extraordinaris rerum gestarum pro norma perpetua was sich in diepen und jenen die herrschafft betreff enden zufalligen wegen zugetragen und wie man sich in dergleichen züfallen zu verhalten per actuarium ad longem beschrieben und enthalten seye, wor zu Erstens ein protocollum judiciale anfangend d 7.ma Jan. des 1722.ten jahrs zu bestellen als worinnen alle und jede so extrajudicial- als judicial Vorgefallene und Vorfallende parthey- sachen, erb- und enterbungen kauffe, Verkauffe Versatzungen gifften. Testamenten obligationen und andere documenta, wodurch die güther von einer hand in die andere übergehen und kein novus possessor sich einiger güther a vel ab intestato oder anderen sins anzunehmen er habe dem solche mit allen ihren Last- und enlasten ob- Lehn ZinB oder Curmüdig oder mit anderen lasten beschwert, durch dem gerichtschreiber oder actuarium so ihme dies fals einen extractum in forma probanti erga modicum recompensam, wie solches der landherr verordnen wird mitzutheilen dem gerichtlichen protocollo und so folgents auB demselben dem erb-und enterbungs buch inseriren lassen. Zweytens ermeltes Erb-und enterbungs buch worinnen eines jeden seine possession mit seiner qualitet schuld und anderen lasten alfio und dergestelt beschrieben dafl fur jedem possessionirten unterthanen das spatium eines folg gelaBen werde gestalten darauf die etwan fur f... possession dem einen ab und dem anderen zuzuschreiben.

Drittens das protocollum extraordinarium von allen zufalligen dingen landherrschafft. mandemanten und Verordnungen.

Viertens die hebregistra worinnen anfangs das schatz directorium folgents das landherrschafftliche aufischreibungs befeles so dan die taxa und eines jeden contribuenten Zahlung per Columnas eingeschrieben werde.
[in dorso:] WaB in der herrschafft. Wylre ahn zu ordenen.

De archiefkasten werden inderdaad gemaakt, zoals blijkt uit het verslag van de officiële inbezitname van de heerlijkheid Wijlre, in 1768, door Commissarius Fabri als vertegenwoordiger van vrijheer Van Blanckart. Het archief berustte toen in het kasteel. Daar had de schepenbank haar gerechtskamer, "Gerichtsstube" genoemd, en daar bevonden zich ook de "scheffen kist" en de "registratur schranck". * 

Ondanks de goede bedoelingen heeft het archief van Wijlre ernstig geleden onder de vele verhuizingen, die werden veroorzaakt door de verre woonplaats van de heer (Wachtendonck, Düren, Alsdorf). Rekeningen en bijlagen, bijvoorbeeld, werden telkens naar de heer verstuurd. De rekening 1644-1647 wordt voorafgegaan door de mededeling: Anno 1644 am 26 octobris vermeugh hiebey gehender meines genedigen herren den quittungen zugefeugter aigener handt, habe ich alle meine vorige rechnungen mit denen darinnen angezogenen quitungen uberlibert, und habe seithero auff new ferner empfangen und widderumb aufigeben allermafien wie volgt. *  Archivalia van Wijlre werden dus regelmatig over en weer verhuisd. In 1776 zond men uit Alsdorf een grote kist met archiefstukken naar Wijlre terug. Er werd een inventaris opgemaakt door de schout en door de schepenen Hindrichs en Kicken, van alle stukken die "paquet für paquet auBgenommen provisionaliter in dorso besichtiget, hie annotiret, sodan wieder eingelegt worden". * 

In de overeenkomst, op 12 september 1792 gesloten tussen de erven Von Harff en mevrouw Von Moers, geboren Christine Henriette de Bounam als erfgename van de familie Von Bodden, werd onder artikel 6 besloten dat mevrouw Von Moers alle papieren zou verkrijgen die betrekking hadden op de erfenis Van Wachtendonck en op al haar goederen, of deze nu bewaard werden in Düsseldorf of nog bij de erfgenamen Van Wachtendonck, ofwel bij de erfgenamen Van Harff berustten. * 

In 1805, bij gelegenheid van de verkoop van de heerlijkheid door advocaat J.J. von Klein aan Guillaume Eugène de Massen, werd een grote hoeveelheid archiefstukken vanuit Aken naar de nieuwe bezitter van de heerlijkheid gezonden. Blijkens de bewaard gebleven inventaris *  betrof het hoofdzakelijk heerlijkheidsarchief.

Dergelijke wederwaardigheden zijn nooit bevorderlijk geweest voor een goede bewaring van archieven, en ook Wijlre vormt geen uitzondering op de regel. Het is, gezien deze weinig ideale omstandigheden, bijna verwonderlijk dat toch een relatief groot gedeelte van de bestanden bewaard is gebleven.

De herhaalde verhuizingen verklaren waarschijnlijk de grote lacunes van het archief. Betreurenswaardig is met name het ontbreken van rekeningen vóór 1644, het praktisch geheel ontbreken van de rol vóór 1728, en het ontbreken van de gichtregisters tussen 1647 en 1694. Tot overmaat van ramp vertonen ook de kerkregisters een hiaat tussen 1672 en 1746. Voor historisch onderzoek zijn deze hiaten grote obstakels, die slechts overbrugd kunnen worden door zo veel mogelijk verschillende archiefbronnen bij het onderzoek te betrekken.

Deze omstandigheden verklaren ook dat in het archief van de schepenbank Wijlre een aantal stukken is afgedwaald, afkomstig uit het familiearchief Van Binsfeld (circa 0,20 m), die betrekking hebben op de goederen van deze familie in het Rijnland. Deze stukken behoren dus tot het familiearchief Binsfeld-Wachtendonck (omvang 16 m), dat berust in het Archiv der Stadt Köln (Abteilung 15). Ze zijn inmiddels overgedragen aan het Keulse gemeentearchief.

De oudst bekende inventaris van het archief, daterend uit 1731, werd opgemaakt bij gelegenheid van het proces dat ontstond door het overlijden op 28 juli 1731 van Wilhelm Adolph Bertram van Wachtendonck. Het gehele archief, dat toen berustte in het huis Binsveld en bij de Capucijnen van Düren, werd toen geïnventariseerd. Deze inventaris is bewaard gebleven in het archief van het klooster Hoog-Cruts te Noorbeek/Slenaken, aangezien de kanunniken van dit klooster als meestgeërfden deelnamen aan het bestuur van Wijlre. * 

In de Franse tijd werden alle overheidsarchieven van het Ancien Régime in beslag genomen. De archiefzorg ging over in handen van de nieuwe machthebbers, wier taak na Napoleon's debacle geruisloos werd overgenomen door de ambtenaren van het Verenigd Koninkrijk van Willem I.

In de negentiende eeuw is er in het archief grote wanorde ontstaan, ten gevolge van de befaamde brand in het Maastrichtse gerechtsgebouw in 1866. Daardoor waren de losse stukken in volstrekt wanorde geraakt. Dit heeft het inventarisatiewerk ernstig bemoeilijkt. De chaos beperkte zich niet tot wanorde binnen één duidelijk afgebakend archieffonds; het archief van Wijlre was ook vermengd geraakt met stukken uit andere archieven. Zo trof de inventarisator archivalia aan behorende tot de bestanden van Klimmen, Wolder, Vaals, Sittard, Schaesberg, Nuth, Merkelbeek, Maastricht, Thorn, Mheer, Gulpen, Wittem, Breust, Valkenburg en Eygelshoven, alsmede een aantal niet meer terug te brengen losse stukken. Uit de negentiende eeuw is verder slechts de aanwinst te melden, in 1895, "krachtens wettelijke bepalingen", van twee registers van overdracht, 1586-1613 en 1613-1626, *  die toen klaarblijkelijk nog bij de gemeente berustten. * 

Tot in de twintigste eeuw werden gedeelten van zowel het heerlijkheids- als schepenbankarchief op het kasteel van Wijlre bewaard: op protocolregisters en banden zijn opschriften en ingelegde strookjes te vinden, geschreven met het goed herkenbare handschrift van François Xavier Kerens de Wylre (1775-1848), echtgenoot van Eugénie de Massen, erfgename van Wijlre. De aanwinst 1905, aangekocht van de familie Stevens-Van der Vrecken te Bethlehem (Limmel), afstammelingen van de familie Kerens, *  is herkenbaar aan kleine blauwe etiketjes. In 1918 verkreeg het Rijksarchief in Limburg enige Wijlrese archivalia van pastoor Maessen te Wijlre, *  en in 1922 werd nog een aankoop gedaan bij baron Fr. de Loë, te Anholt (Westfalen). * 

De aanwinsten van de negentiende en de twintigste eeuw tonen voldoende aan hoezeer het archief van Wijlre verstrooid is geraakt.

Tenslotte bleek bij de inventarisatie dat het archief van Wijlre enige kleinere gedeponeerde archieven bevatte, namelijk persoonlijke bescheiden van Hartman Beckers, secretaris van Wijlre, en van de families Stallenberg en Corneli. Deze zijn in de onderhavige inventaris opgenomen.