Door de Franse overwinning bij de slag van Fleurus op 25 juni 1794 lagen de Zuidelijke Nederlanden en het Rijnland feitelijk open voor revolutionaire legers. Medio juli 1794 vluchtten de leden van het kapittel met medeneming van een deel van de inboedel en archieven van de abdij naar het weeshuis van Steele, behorend tot het gebied van de rijksabdij Essen. Maria Cunegonda van Saksen, de laatste vorstin-abdis van Thorn, was in personele unie ook vorstin-abdis van Essen. Op 4 november 1794 viel de vesting Maastricht in Franse handen en werd het Maasland bezet. Op 1 oktober 1795 werden de Oostenrijkse Nederlanden, het prins-bisdom Luik en de 'Limburgse' territoria van de Republiek der Verenigde Nederlanden bij Frankrijk geannexeerd. Hetzelfde lot trof ook de kleine rijksonmiddellijke territoria in het Maasgebied, hoewel de volkenrechtelijke afwikkeling daarvan eigenlijk eerst in de jaren 1801/1802 plaatsvond. Daarmee werd ook Thorn onderdeel van het nieuwe Franse departement Nedermaas, ressorterend onder het kanton Maaseik. De activiteiten van het hoofdgerecht van Thorn eindigden omstreeks medio 1794. De laatste inschrijvingen op de rol dateren van 28 juni 1794. Na de Franse bezetting volgde ook een fundamentele verandering van de rechterlijke organisatie. (75) Voor de rechtspraak in hoger beroep werd bij besluit van 14 november 1794 een Tribunal Supérieur in Maastricht ingesteld. De werkzaamheden van de lagere rechtbanken werden voorlopig gecontinueerd. De grondwet van 5 fructidor III (22 augustus 1795) voorzag invoering van een nieuwe rechterlijke organisatie, met invoering van een tribunal civil en een tribunal criminel per departement en een tribunal correctionel in de grotere steden. Voor de kantons, waarin het departement was verdeeld, werden vredegerechten ingesteld. Het vroegere Land van Thorn werd verdeeld over de kantons Maaseik, Weert en Heythuizen. Thorn zelf werd gevoegd bij het kanton Maaseik

Eind januari 1796 werden de benoemingen van vrederechters en bijzitters bekend gemaakt, maar veel benoemden weigerden. Begin maart 1796 trokken afgevaardigden van het tribunal civil en van het tribunal criminel naar de hoofdplaatsen van de kantons om te kijken of de vrederechters geïnstalleerd waren. Mocht dit niet het geval zijn, dan moesten zij voorlopig geschikte personen benoemen en installeren. Die benoeming moest worden ingeschreven 'op het register van de municipalitiet', de nieuwe gemeentelijke organisatie. Voor Maaseik geschiedde die aanstelling op 13 juni 1796 (76) Vanaf dat moment hield het hoofdgerecht Thorn ook officieel op te bestaan