De latere edities van Sonsbeek veroorzaakten veel beroering. Sonsbeek 1993 kreeg maar weinig bezoekers, maar het kunstwerk 'The Pisser' van Marc Quinn veroorzaakte veel opspraak. Het feit dat er uit het stijve lid van een in een 'douchecabine' geplaatst mannelijk naakt een straaltje water kwam, werd vooral voor de kerkelijke gemeente waartegenover dit kunstwerk stond als heel shockerend ervaren.
De editie van Jan Hoet in 2001 ging gepaard met een rel, als gevolg van een door de Arnhemse Ouderenpartij uitgegeven kritische brochure. Vooral het vele gemeenschapsgeld dat de tentoonstelling kreeg werd door de samenstellers van de brochure bekritiseerd. De reactie van Jan Hoet resulteerde in een optreden in het actualiteitenprogramma van de NPS. De editie 2001 wordt als de minst geslaagde beschouwd.
De editie 2008 was weliswaar heel succesvol, maar kende evenals die van 1993 ook haar scabreus getinte schandaal. Het kunstwerk 'Miss Universe' van Lara Schnitger toonde plaatjes van niets verhullende intensief parende vrouwen, en dat veroorzaakte veel ophef. In pure versie werd het kunstwerk nog in de religieus getinte en de opening preluderende processie meegedragen, maar het werd nog gekuist alvorens de koningin de tentoonstelling officieel kwam openen. Om de genitaliën en borsten te bedekken werden rode hartjes als 'vijgeblaadjes' gebruikt. Volgens de officiële lezing deed de kunstenares dit geheel uit eigen vrije wil.