In 2009 verleende het waterschap Vallei & Eem aan Bureau Van Lee & Van Everdingen opdracht tot het bewerken van de archieven van een aantal van zijn rechtsvoorgangers, waaronder dat van het waterschap De Drie Zielen en De Geeren, 1864-1963.
Begin 2010 is het archief bewerkt. De bewerking hield in het beschrijven en selecteren van de archiefbescheiden op bewaren of vernietigen, en het vervaardigen van een beschrijvende inventaris, voorzien van een summiere inleiding.
De opdracht hield tevens in het op stuksniveau toegankelijk maken van de in het archief aangetroffen vergunningen in een aparte Vergunningenlijst. Alle vergunningen zijn bewaard. Afschriften van door andere overheidsorganisaties aan derden verleende vergunningen zijn eveneens bewaard. Dit, omdat het zaken betreft die zich afspelen op het grondgebeid van het huidige waterschap Vallei & Eem. De praktijk heeft aangetoond dat kennis hiervan vandaag de dag voor de administratie nog steeds van belang kan zijn.

Het archiefdeel tot aan 1864 (reglementering) is, behalve de complete serie rekeningen, slechts fragmentarisch bewaard gebleven. Het archiefdeel vanaf 1864 maakte een vrij complete indruk, en bestond in de kern uit registers van notulen, kopieboeken en een serie ingekomen stukken. Daar op deze serie geen goede toegang was, zijn de stukken hieruit, samen met die uit onderwerpsdossiers, opgenomen in nieuw gevormde dossiers. Opvallend incompleet is het dossier inzake de keur.

Archiefbescheiden behorende tot archieven van rechtsvoorgangers en -opvolgers zijn uit het archief verwijderd om te worden ingevoegd in het archief waartoe ze behoren.

Stukken uit de periode vóór de reglementering zijn allemaal bewaard. Voor de periode erna heeft selectie plaatsgevonden als volgt:
1. Voor de periode 1864-1935 volgens de Lijst van voor vernietiging in aanmerking komende bescheiden uit de archieven van de organen van waterschappen dagtekenende van na 1850 (afgekondigd op 14 november 1984, St.c. No. 180)
2. Voor de periode 1936-1963 volgens de Lijst van voor vernietiging/bewaring in aanmerking komende archiefbescheiden van waterschappen van na 1935 (goedgekeurd bij ministeriële beschikking van 18 januari 1993, afgekondigd op 8 april 1993, St.c. No. 69)
3. Voor beide perioden volgens nader door de waterschapsarchivaris verstrekte aanwijzingen.
De voor vernietiging in aanmerking komende stukken zijn op een lijst vermeld en na goedkeuring door de waterschapsarchivaris vernietigd.

De omvang van het archief bedroeg voor bewerking 3,0 meter. Hiervan kon 1,375 meter worden vernietigd. De omvang van het archief na bewerking bedraagt 1,625 meter.