Wanneer voor het eerst de besturen van de polders De Drie Zielen en Geeren zijn ingesteld, is uit de bewaarde stukken niet te achterhalen. Uit de periode voor de reglementering zijn weinig stukken bewaard.
Er zijn voor beide polders schouwbrieven bewaard uit het begin van de 19e eeuw. Hieruit blijkt dat eerdere schouwbrieven waren zoekgeraakt en dat er reden was de polderbesturen nieuw leven in te blazen. Deze reden was de onhoudbare toestand als gevolg van het regelmatig overlopen van de Drakenburgergracht, waardoor de ingelanden veel schade leden. Als maatregel kochten de polderbesturen een (deel van de) Drakenburgerkade en verbeterden die. Andere eigenaren werden verplicht hun deel van de kade op dezelfde hoogte te houden.
Daarnaast maakte men weer ernst met de schouwvoering. In de schouwbrief van de Geerpolder uit 1818 wordt als taak genoemd het schouwvoeren over de watergangen en het onderhouden van de sluis bij Ter Eem.
In de schouwbrief van de Drie Zielenpolder uit 1826 wordt het bestuur opgedragen de schouw over de sloten, en het in samenwerking met het bestuur van de Geerpolder, onder het Hoofdbestuur van de Watergraaf te waken voor het in stand houden van de kade en weg langs de Drakenburger Grift en het schoonhouden van deze grift.

In de 2e helft van de 19e eeuw, als uitvloeisel van de Grondwet van Thorbecke van 1848 werden de polders van particuliere organisaties van ingelanden (veelal boeren) die samen de waterhuishouding en waterkering regelden, omgevormd tot overheidsorganisaties: Waterschappen.
In 1857 werd in de Provincie Utrecht het Algemeen Reglement voor de Waterschappen van kracht, dat bepaalde dat alle waterschappen een eigen Bijzonder Reglement moesten hebben.

In 1863 werd het Bijzonder Reglement voor Waterschap De Drie Zielen en De Geeren vastgesteld. Per 1 januari 1864 trad dit in werking. De Eemnesser Geeren, tot dan toe deel uitmakend van het rechtsgebied van de Gecommitteerde Geërfden van Eemnes, werden opgenomen in het nieuwe waterschap De Drie Zielen en De Geeren.
In 1884 werd het Bijzonder Reglement aangepast. De Drakenburgergracht werd aan het waterschap onttrokken en opgenomen in het nieuw opgerichte waterschap Drakenburg.

In het begin van de 20e eeuw werd het takenpakket uitgebreid met bemaling. Dit geschiedde aanvankelijk met een windmolentje, later met een elektrisch gemaaltje.

Per 1 januari 1964 werd het waterschap samengevoegd met de waterschappen Eemnes en Drakenburg tot het waterschap Bewesten de Eem.