Anders dan in Eemnes Buitendijks vormden gecommitteerden geërfden van Binnendijks geen zelfstandig bestuur, dat zijn eigen zaken regelde, onafhankelijk van het gerecht. Men kan zich daarom afvragen of de door hen gevormde stukken wel beschouwd moeten worden als een zelfstandig archief. Zij hebben immers niet zelf aantekening gehouden van hun resoluties. Eigenlijk waren het ook niet hun resoluties, maar besluiten van het dorpsbestuur samen met gecommitteerde geërfden, die dan ook werden vastgelegd in het resolutieboek van het gerecht. Ook in hun handelen waren de Binnendijkse gecommitteerde geërfden niet zelfstandig. Zij deden alles samen met het gerecht, inclusief het horen en sluiten van hun rekeningen. Het valt daarom zeer wel te verdedigen, dat het archief van gecommitteerde geërfden van Binnendijks beschouwd moeten worden als een onderdeel van het gerechtsarchief, zoals het mogelijk oorspronkelijk ook geweest is.

Helaas is echter de oude orde van de archieven van de gerechten en gecommitteerde geërfden van Eemnes Binnen- en Buitendijks, toen berustende bij de gemeente Eemnes, in de vorige eeuw volledig te niet gedaan. Het bestuur van het toenmalige waterschap Eemnes heeft op 15 oktober 1868 een commissie 'tot regeling van het archief benoemd. De leden daarvan, de heemraden J.H. Hooft Graafland en W. van de Kuinder (tevens secretaris), hebben vervolgens (naar eigen zeggen) 'de stukken uitmakende het archief van het waterschap Eemnes opgedolven uit het gemeentearchief. Kennis omtrent aard en structuur van archieven bestond in die tijd nog niet. De commissie heeft alle stukken waarin ook maar enigszins sprake was van een waterstaatkundig onderwerp, uit de archieven bij de gemeente weggehaald en daarvan met de al bij het waterschap aanwezige bescheiden het 'waterschapsarchief gevormd. Dit archief is vervolgens in 1868 geïnventariseerd door F. Muller te Amsterdam *  .

In de dertiger jaren van deze eeuw voldeed de bovengenoemde inventaris uit 1868 niet meer als toegang op het archief. Door toedoen van dijkgraaf A.J. Looxma van Weideren, baron Rengers, werd in 1939 mevrouw dr A. Joh. Maris, toen chartermeester bij het rijksarchief in Utrecht, belast met het opnieuw ordenen en beschrijven van het zogenaamde 'oudarchief van het waterschap Eemnes *  . Zoals toendertijd gebruikelijk verrichtte zij dit werk in een vrij kort tijdsbestek en op grond van oppervlakkige interpretatie van de stukken zonder voorafgaande studie van het ontstaan, de bevoegdheden en ontwikkeling van gecommitteerde geërfden en gerechten in Eemnes Binnen- en Buitendijks. Zonder die basis leek het onmogelijk om de stukken van het 'oudarchief van elkaar te scheiden en volgens het herkomstbeginsel terug te brengen tot die archieven, waartoe zij naar hun aard behoorden. Zij zag daar dan ook van af. De ordening en beschrijving vond weer plaats alsof het om één en hetzelfde archief ging in plaats van om drie afzonderlijke archieven met daardoorheen nog stukken behorend tot de beide gerechtsarchieven en de archieven van de besturen der inliggende polders.

Als gevolg hiervan werd een aantal stukken niet herkend voor wat zij zijn en ten onrechte of onder een onjuiste beschrijving in de inventaris opgenomen. Daarbij bevonden zich ook enkele stukken daterend van vóór de aanstelling van gecommitteerde geërfden in 1679/1680 en in 1681, die als retro-acta werden aangeduid, maar die naar hun aard behoren tot de archieven van de rechtsvoorgangers van de gecommitteerde geërfden, i.c. de beide gerechtsbesturen. Wel werd een aantal andere stukken, die evident tot de gerechtsarchieven behoorden, teruggebracht tot die archieven bij de gemeente Eemnes, terwijl de generale rekening en liquidatie tussen de schout mr Jan Both Hendriksen en gecommitteerde geërfden van Binnendijks over 1774-1778 (1783), thans inv.nr 16, van de gemeente werd ontvangen en gevoegd bij het archief van gecommitteerde geërfden. Enige andere stukken werden overgedragen aan het rijksarchief in Utrecht en aan de gemeente Baarn om gevoegd te worden bij het archief van de Commissie beheer voerende over de Eembrug. Een overzicht van de in 1940 overgedragen en ontvangen stukken is opgenomen achter deze inventaris. Vervolgens ordende mevrouw Maris in 1940 ook de gerechtsarchieven onder de naam 'oudarchief' van de gemeente Eemnes.

In aansluiting op deze inventarisaties maakte zij een studie van de ontstaansgeschiedenis van de beide Eemnessen in de middeleeuwen, waarbij ook een overzicht van de waterschapsgeschiedenis tot 1863 werd opgenomen. Haar boek 'Eemnes, rechtsgeschiedkundige ontwikkeling van gemeente en waterschap' werd in 1947 gepubliceerd bij uitgeversmaatschappij W. de Haan NV te Utrecht, met steun van het bestuur van het waterschap Eemnes en van intekenaren.

Bij de huidige inventarisatie is wel getracht de archiefbescheiden samengebracht in het 'oudarchief van het waterschap Eemnes van elkaar te scheiden en op grond van het bestemmingsbeginsel een reconstructie te maken van de oorspronkelijke archieven. Van herstel van de oude orde kon geen sprake zijn, omdat daaromtrent slechts vermoedens bestaan. Mede om die reden werd er niet voor gekozen àlle archiefbescheiden van gecommitteerde geërfden van Eemnes Binnendijks over te dragen aan de gemeente Eemnes, om ze als aparte afdeling onder te brengen bij het gerechtsarchief. De positie van gecommitteerde geërfden van Binnendijks had iets ambivalents. Zij werden aangesteld naar het voorbeeld van hun Buitendijkse collega's en volgens de opvatting van schout Willem Verweij hadden zij in het begin van de 18e eeuw ook dezelfde bevoegdheden, namelijk zorg voor het financieel beheer, schouw over de buitenwaterkering van de polder en medebestuur over de Eemnesservaart en grote sluis.

In Buitendijks ontwikkelden de gecommitteerde geërfden zich tot een zelfstandige instelling, een gelijkwaardige partner naast het dorpsbestuur, waarmee uiteraard wel werd samengewerkt. Alleen ten aanzien van de schouw over de Hogeweg of dorpsdijk lag het primaat daar bij het gerecht en verleenden gecommitteerde geërfden slechts 'assistentie'. In Binnendijks verkeerden gecommitteerde geërfden bij hun aanstelling (waarschijnlijk) in dezelfde uitgangspositie, maar ontwikkelden zij zich juist in tegengestelde richting. Hun samenwerking met het dorpsbestuur werd steeds nauwer, zij werden betrokken bij alle schouwen en bij alle zaken, die de belangen der geërfden raakten. Het feit, dat na 1704 (en misschien al eerder) alleen inwoners van Binnendijks werden aangewezen als gecommitteerde geërfde, hangt hier zeker nauw mee samen. Dit gegeven, met het feit dat gecommitteerde geërfden van Buiten- en Binnendijks in 1819 besloten tot samengaan als gecommitteerde geërfden van Eemnes, uitmakende het dijkbestuur aldaar (waarmee een nieuwe instelling tot stand kwam met nieuwe bevoegdheden, die een eigen archief heeft gevormd) én de geschiedenis van de archieven, die in 1868 geheel uit elkaar gehaald zijn, heeft doen kiezen voor het in beheer houden van het archief van gecommitteerde geërfden van Eemnes Binnendijks bij de huidige rechtsopvolger, het waterschap Vallei en Eem, en het beschrijven ervan in een aparte inventaris, met de aantekening dat raadpleging moet plaats vinden in samenhang met het archief van het gerecht van Binnendijks. Wel werd in 1990 nog een aantal stukken als behorend tot het gerechtsarchief van Binnendijks overgedragen aan de gemeente Eemnes. Een lijst hiervan (met toelichting) is opgenomen achter deze bundel van inventarissen evenals een concordantie van de nummers der inventaris van 1939 met de bij de huidige inventarisatie toegekende nummers van de inventarissen der herstelde archieven.

De uitsplitsing van het 'oudarchief van het waterschap Eemnes in de archieven van gecommitteerde geërfden van respectievelijk Eemnes Buitendijks,-Binnendijks,-uitmakende het dijkbestuur aldaar, en in stukken behorende tot de archieven van de beide gerechten gezamenlijk en van de besturen der inliggende polders was pas mogelijk na grondige bestudering van de achtergrond van de instelling van gecommitteerde geërfden, hun bevoegdheden en ontwikkeling. Het resultaat van dit tijdrovend onderzoek is neergelegd in de inleidingen op de inventarissen van de zo herstelde archieven. Bij de ordening der stukken werd het schema gehanteerd, dat steeds is toegepast bij de inventarisatie van andere archieven van rechtsvoorgangers van het waterschap Vallei en Eem. Het archief van gecommitteerde geërfden van Eemnes Binnendijks heeft thans een omvang van 0,25 m.