Na de oprichting van Beoosten de Eem werden de archieven van de opgeheven waterschappen vervoerd naar Amersfoort, waar zij ondergebracht werden in het secretariegebouw van het hoogheemraadschap. Er werd een lijst van opgemaakt. In 1932 en 1937 werden aanvullingen ontvangen van archiefstukken van de vroegere Hooglandse- en Bunschoter waterschappen, aangetroffen in de gemeente-archieven van deze gemeenten. Na de samenvoeging met het hoogheemraadschap en met het Bekaaide Maatwaterschap in 1942 besloot het bestuur over te gaan tot vernietiging van een aantal stukken uit de archieven van de opgeheven waterschappen. Enkele maanden later werd een in Amersfoort wonende oud-burgemeester op zijn eigen verzoek belast met de ordening van het nieuw archief van Beoosten de Eem en van het opgeheven hoogheemraadschap van de Bunschoter Veen- en Veldendijk gedurende tenminste drie hele werkdagen per week. Zijn werkzaamheden duurden tot eind 1944 *  .

Het archief vanaf 1929 was oorspronkelijk geordend volgens 49 rubrieken met daarnaast een serie van rekeningen en bijlagen, per kalenderjaar verpakt. De stukken werden voorzien van het rubrieknummer gevolgd door een doorlopende agendanummering tijdens de eerste jaren. In 1940 begon men bij de aanvang van het jaar voor de agendanummering weer met 1. De agenda van ingekomen en verzonden stukken diende tevens als indicateur voor de vindplaats in het archief, waarbij het rubrieknummer werd aangegeven onder 'nummer van het stuk' en het agendanummer onder 'archiefnummer'. Een overzicht van de onderwerpen der rubrieken is als bijlage bij deze inventaris opgenomen. Daaruit blijkt dat deze onderwerpen elkaar niet uitsloten en zeer waarschijnlijk is de indeling van de stukken in de verschillende rubrieken ook niet consequent toegepast, zodat het archief na verloop van jaren moeilijk toegankelijk moet zijn geworden. Dat zal de reden zijn geweest, waarom men in 1942 besloot tot herordening *  .

Daarbij werd evenwel een zelfde ordeningssysteem aangehouden: 26 rubrieken, waarvan een aantal een onderverdeling kende. Het ligt voor de hand dat zich hierbij na verloop van tijd hetzelfde probleem opnieuw voordeed. De rubrieken werden te groot en daardoor onoverzichtelijk. De onderwerpen sloten elkaar niet uit, zodat bij elkaar behorende stukken niet altijd in dezelfde rubriek terechtkwamen. Dan moest de agenda worden doorgenomen om de gezochte stukken en het rubrieknummer waaronder zij waren geborgen, te vinden. Dat was uiteraard tijdrovend. Waarschijnlijk was er ook een achterstand in het opbergen der stukken ontstaan. In de agenda ontbreken vanaf april 1951 de rubrieknummers. In de eerste helft van 1952 zijn ze weer wel aanwezig om daarna geheel te verdwijnen. Eind 1954 werd besloten tot aansluiting bij het registratuurbureau van de Unie van Waterschapsbonden. Toen zijn de archiefstukken tot 1950 teruggeordend naar de zaaksgewijze ordening volgens de registratuurcode. De oudere stukken werden in de rubrieken gelaten en als semistatisch archief beschouwd *  .

Bij de huidige inventarisatie werden dus in feite drie verschillende ordeningssystemen in het archief aangetroffen. Daaruit volgde, dat herstel van 'de oude orde' hier niet mogelijk was. Ook leek het niet verstandig om een van de drie ordeningssystemen op het hele archief toe te passen. De rubriekenstelsels leenden zich daar al helemaal niet voor. Niet voor niets had de administratie deze manier van ordenen tussentijds verlaten. Aan terugordening van het archief 1929 - 1950 volgens de code kleefden echter ook bezwaren. Deze wijze van ordenen is immers in de eerste plaats toegesneden op gebruik van het archief door de administratie in de dynamische fase en die fase was inmiddels afgesloten. Bovendien was er na 1942 niets meer aan vernietiging van daarvoor in aanmerking komende stukken gedaan en het bleek ook nog, dat niet alle zaakdossiers op de juiste wijze gevormd waren. Het was om deze redenen toch noodzakelijk om het gehele archief systematisch door te nemen en opnieuw te beschrijven. Een ordening volgens het schema zoals dat voor waterschapsarchieven thans gebruikelijk is, lag daarna voor de hand, temeer daar dit schema ook reeds was toegepast bij de ordening van de archieven van de rechtsvoorgangers van het waterschap Beoosten de Eem.

Ter documentering van de oorspronkelijke ordening werden als bijlagen bij de inventaris overzichten van de beide rubriekenstelsels en concordanties met het rubriekenarchief 1929 - 1950 en met het codearchief 1950 - 1972 opgenomen. Voor de handleiding bij het gebruik van de code zij verwezen naar inv.nr 85.

Aan de hand van de Lijst van voor vernietiging in aanmerking komende bescheiden uit de archieven van de organen van waterschappen dagtekenende van na 1850 (Staatscourant nr 180 van 14 november 1984) werden vernietigbare stukken uitgeselecteerd. Voor een overzicht hiervan zie men het eveneens als bijlage bij de inventaris opgenomen proces-verbaal van vernietiging. De ingekomen circulaires die voor de administratie geen gevolgen hebben gehad en derhalve vernietigbaar zijn, werden ondergebracht in de circulaireverzameling. Het archief heeft thans een omvang van circa 12 m1.