Op het Hoogland is pas laat een apart waterstaatsbestuur gevormd, dat in stand gebleven is met de tijd. Een oorkonde van de maarschalk van Amersfoort en Eemland uit 1410 *  vermeldt toestemming aan de geërfden vanaf de Lijsmaat neerwaarts tot en met Wederhorst om een dijk te leggen en te onderhouden vanaf de 'Enge onder Niergraft'. Deze dijk moet gelegen hebben langs de Eem vanaf een punt beneden Amersfoort tot beneden Weerhorst, met een dwarskade naar het Hoogland in het latere waterschap Coelhorst.

Misschien werd hij aangelegd, omdat de geërfden schade hadden geleden bij de stormvloed van 10 februari 1409 *  , die ook de geërfden van Bunschoten, Amersfoort, Eembrugge, Zeldert boven en beneden de weg, de Haar en de Duist ertoe bracht om de Spakenburgse dijk aan te leggen *  .

De geërfden van de landen beneden Wee sloten in 1493 een overeenkomst over herstel, onderhoud en schouw van de dijk, waarbij ook een sluis wordt vermeld *  . Jaarlijks zouden de geërfden twee gezworenen kiezen om te schouwen, maar als dat verzuimd werd of als de gekozenen weigerden de eed af te leggen, dan kon de schout van het Hoogland met zijn buren dat jaar schouw voeren op verzoek van twee geërfden. De plaats van de sluis werd niet aangegeven.

Een andere sluis komt ter sprake in de raadsnotulen van de stad Amersfoort van maandag ante Margarete (12 juli) 1540 *  : er werd een regeling getroffen voor de verdeling van de kosten van het maken van een nieuwe sluis voor de uitwatering van de Malen, de Coelhorster meenten en de buitenlanden.

Twee jaar later werd een geschil over herstel en onderhoud van de dijk van de Weedermaten met een scheidsrechterlijke uitspraak beslecht *  . De dijk langs de Eem diende onderhouden te worden door de aangelande geërfden, terwijl de dwarsdijk in drie blokken verdeeld werd, waarvan het onderhoud aan drie geërfden werd toebedeeld. Het is mogelijk, dat de sluis en de dijk schade geleden hadden bij een storm in 1540, waarbij volgens de anonieme kroniek van Amersfoort in alle dijken van Eemland en Gelderland doorbraken vielen *  .

In 1555 werd het gedeelte van de Eem tussen Amersfoort en de Melm uitgediept *  . De dijk van de Weedermaten moet toen gedeeltelijk zijn functie verloren hebben. Blijkens hun namen waren de geërfden onder deze dijk deels dezelfde personen als de geërfden van Coelhorst en Coelhorster meent, die onderhoudplichtig waren voor de Malesluis en de daaraangelegen dijk langs de Eem. Deze geërfden sloten in 1592 een overeenkomst *  om jaarlijks op Sint Petersdag ad cathedram (22 februari) twee heemraden te kiezen uit hun midden om de dijk tweemaal per jaar te schouwen.

Het onderhoudswerk aan de dijk moest worden uitgevoerd door de bruikers of pachters van de aangrenzende landen. Was het werk bij de naschouw nog niet uitgevoerd, dan konden de heemraden het laten aanbesteden door de schout, die de kosten op de derde penning meer (verhoogd met de helft) op de onderhoudplichtige kon verhalen. Er werden regels vastgesteld voor het halen van aarde ten behoeve van de dijk en op gemene kosten werden twee schuttingen aangebracht om het beweiden van de dijk met beesten te beletten.

De overeenkomst werd in 1610 op verzoek van de geërfden bekrachtigd door het Hof van Utrecht, omdat men ondervonden had dat de regeling maar 'slappelick' werd nageleefd en omdat het 'geraden en hoog nodig' was goede zorg te dragen op het onderhoud van de dijken en andere gemenelands werken. Misschien mag hieruit worden afgeleid, dat de dijk beschadigd was bij de stormvloed van 23 januari 1610, die elders langs de Zuiderzeekust overstromingen teweegbracht *  . Omstreeks diezelfde tijd werd het Hoogland ook getroffen door een overstroming van de Rijn, blijkens een akte van uitzetting over de daarbij ondergelopen landen van omslag voor de kosten van verzwaring van de Wageningse dijk van 16 september 1610 o.s. *  .

Het jaar 1616 bracht de vaststelling van verschillende schouwreglementen met betrekking tot het Hoogland. Op 5 maart o.s. keurden de Staten van Utrecht de ordonnantie op de Malewetering *  goed, die ook betrekking had op de schouw en het onderhoud van de Malesluis, de Goorse- en de Voorderwetering, de sloot komende van de weg de Logt en de wegen op het Hoogland. De ordonnantie was opgesteld door het gerecht, maar het college van de Malen verzette zich ertegen, omdat hun oude schouwrechten erdoor werden aangetast.

De Malen werden door de Staten in hun recht gehandhaafd bij beschikkingen van 18 juni 1617 o.s. en 5 mei 1619 o.s. *  . Volgens deze ordonnantie rustte de onderhoudslast voor de Malesluis met de vleugels en schoeiing aan beide zijden voor de helft op 94½ morgen land gelegen in de buurt van Coelhorst en voor de andere helft op alle landen die hun water losten door de sluis *  .

Eveneens in 1616 stelden de Staten van Utrecht op verzoek van de geërfden en pachters van de landen gelegen in de Duist en de Lange Rijst een ordonnantie vast voor het onderhoud en de schouw van hun weteringen en tochtsloten *  . Deze landen losten hun water op de Malewetering en de geërfden moesten dan ook bijdragen in de kosten van de verdieping daarvan. Om werkelijk profijt te hebben van de waterlossing dienden ook de weteringen en sloten goed te worden onderhouden. Er werd een schouw ingesteld door de schout met twee schepenen en twee door de schout benoemde geërfden. Vroeger had men aan de noordoostzijde van het Hoogland veel overlast ondervonden van het water uit de Gelderse venen, dat afliep naar de Calleveense beek.

Daarom hadden de Malen en de Hooglandse geërfden in 1593 een dijk daartegen opgeworpen, genaamd 't Broothuevel. Daarop hadden de geërfden in de Gelderse Achterhoek met de Hooglanders in 1597 een regeling getroffen over het leggen van een dam, om hun landen tegen de wateroverlast te beschermen. De Hoevelakers staken in 1600 de dijk van het Hoogland door, hetgeen daar grote schade veroorzaakte. Het Hof van Utrecht beval hen de dijk te herstellen, waarna zij een waterlozing naar de Laak aanlegden *  .

De Staten van Utrecht hadden in 1613 - 1615 met grote moeite en kosten de Eem en de Oude Eem doen uitdiepen, terwijl het stadsbestuur van Amersfoort dit ook had laten doen met de stadsgrachten. Dat was nodig, omdat de beken van boven Amersfoort zoveel zand aanvoerden dat de rivier daardoor verstopt raakte. In de toegang tot de Oude Eem bij de Koppelpoort werd een stenen beer gelegd om het zand uit de beken in de Oude Eem op te vangen. In 1616 werd door de Staten een bestuur ingesteld van een watergraaf en zeven heemraden met een cameraer of penningmeester. Drie heemraden werden benoemd uit het stadsbestuur, twee uit de geërfden boven de stad en twee uit de geërfden daar beneden. De watergraaf en de cameraer werden beurtelings benoemd uit het stadsbestuur en uit de geërfden buiten de stad.

Het college voerde schouw over de Heiligenbergerbeek, de Vlierbeek, de Modderbeek, de stadsgrachten, de stenen beer, de Oude Eem en de rivier de Eem tot de Eembrug, benevens over de dijken en kaden daarlangs. De onderhoudplicht rustte op verhoefslaagden. Dat gold ook voor de kaden aan de linkerzijde van de grote Eem en aan weerszijden van de Oude Eem. De wal aan de rechterzijde van de grote Eem moest eveneens door de aangrenzende geërfden in orde worden gemaakt *  .

De omslag van het heemraadschap van de Rivier de Eem, beken en aankleve van dien drukte zwaar. Gerecht en geërfden van het Hoogland klaagden over de hun opgelegde quote bij de Staten van Utrecht in 1619, waarna bepaald werd, dat ze die toch moesten betalen, maar dat ze vervolgens voor 15 jaar vrijgesteld zouden zijn *  . De oplossing voor het verlanden van de rivier werkte niet. Het zand, dat in de expres bochtig gehouden Oude Eem had moeten bezinken, bleef achter vóór de toegang van dat kanaal en verder stroomafwaarts in de nieuwe Eem.

De stenen beer was na enige jaren door onbestendigheid van de grond doorgezakt. Watergraaf en heemraden moesten het zand jaarlijks uit de rivier laten verwijderen tegen hoge kosten. Het geld daartoe moest worden geleend, want uitzetting werd slechts eenmaal in de negen of tien jaar gedaan en door de bijgekomen rente was de omslag dan wel bijna een derde hoger geworden. Daarom bepaalden de Staten in 1638 op verzoek van watergraaf en heemraden, dat ter bestrijding van de kosten van het jaarlijks uitbaggeren van de Eem voortaan door de landen in de Vrijheid van Amersfoort en de contribuerende dorpen in Eemland twee stuivers boven ieder oudschild moesten worden betaald, terwijl de stad Amersfoort jaarlijks 120 gulden diende bij te dragen *  .

In 1641 werd een schikking bereikt door commissarissen van het Hof van Utrecht in een proces tussen de geërfden van Coelhorst *  . Vermoedelijk had ook het Hoogland schade geleden in november 1639, toen er een inbreuk in de Slaagse dijk was gevallen bij de kleine sluis *  . Overeengekomen werd, dat de Malesluis in zodanige staat gebracht zou worden, dat het binnenwater bekwaam geloosd en het buitenwater gekeerd kon worden. De dijk langs de Eem vanaf de Vrijheid van Amersfoort tot de Vudijk zou gebracht worden op een hoogte en zwaarte niet hoger dan de dijk bij Hogerhorst, zodat het zomerwater van de Eem daardoor gekeerd kon worden.

Er werd geen schouw over de dijk ingesteld, maar wel werden drie hoofdingelanden belast met het toezicht daarop en zij konden bij slecht onderhoud het werk laten uitvoeren op kosten van de nalatige onderhoudplichtige, als deze het na vermaning daartoe niet zelf deed. Geërfden die een eigen stuk dijk moesten onderhouden, werden vrijgesteld van alle hoefslagen, die vervolgens ten laste van de binnenlanden werden gebracht. Mocht er een waai vallen in een dijkgedeelte dat niet door de hoofdingelanden gelaakt was, dan zou de dijk op gemene kosten van de geërfden worden hersteld.

Voorwaarde voor de inwerkingtreding van het akkoord was, dat watergraaf en heemraden van de Eem en dependentiën van dien toestemming zouden verlenen om op de grens van de Vrijheid van Amersfoort met het Hoogland een dam met een heul te leggen in de Oude Eem. In hun verzoekschrift daartoe *  stelden de geërfden, dat hun landen steeds vaker midden in de zomer onderliepen bij springvloed en sterke noordwestenwind, en dat dat nog erger zou worden, daar die van Soest, Isselt en de Vrijheid hun dijken aan de noordzijde van de Eem verbeterden. Daarom waren zij overeengekomen om ook zelf de Eemdijk, sluizen en heulen te verzekeren, maar dat zou niet baten, als het opgejaagde water hen toch zou bereiken via de stadsgracht en de Oude Eem.

Daartegen was al eerder een dam in de Oude Eem gelegd, maar die was in 1629 door iemand eigenmachtig verwijderd. Na het doorzakken van de stenen beer hadden watergraaf en heemraden van de Eem het onderhoud van de Oude Eem verwaarloosd en de watergang was toen vóór in de monding bijna dichtgegroeid. De gevraagde toestemming om de dam opnieuw te mogen leggen op de oude plaats werd verleend, mits daarin een sluis of heul werd aangebracht. Met de eigenaar van het aangrenzende land werd een schikking getroffen voor vergoeding van eventuele schade, die hij door het leggen van de dam zou komen te lijden *  .

De geërfden van de erven genaamd de Hoeven en Rollecoot of Rotten op het Hoogland namen in 1621 op zich de Rottewetering langs de Zwarte- of Groene Steeg te onderhouden. Zij zouden zelf een regeling treffen voor verhoefslaging en schouw van de wetering, maar omdat deze in de Vrijheid van Amersfoort lag, bepaalde het stadsbestuur, dat die schouw ondergeschikt zou zijn aan hun eigen schouw en ordonnantie, en dat de geërfden ook naar rato van hun morgentalen dienden bij te dragen in de kosten van het onderhoud van het bruggetje in de Groenesteeg over de wetering, waar deze aansloot op de Voorderwetering naar de Eem *  . In 1634 werd besloten een college van heemraden over de Vrijheid van Amersfoort op te richten, dat toezicht moest houden op alle wegen en watergangen, terwijl daarnaast de schouw en chiering van het stadsbestuur zelf bleef gehandhaafd. Van dit college werd echter verder niets meer vernomen *  .

Blijkens het bovenstaande bestond er op het Hoogland in de 17e eeuw een grote verbrokkeling van bevoegdheden op het terrein van de waterstaat. Dit leidde herhaaldelijk tot conflicten, vooral tussen schout en gerecht en het college van de Malen, maar ook tussen gerecht en geërfden. Dit laatste was het geval in 1683, nadat het Hoogland zeer geleden had onder de Franse bezetting van 1672 - 1673 *  en (waarschijnlijk) van de serie stormvloeden daarna (in 1675, 1677, 1678, 1679, 1681, 1682 en 1683) *  .

Bij de stormvloed van 17/18 februari 1683 n.s. viel er een doorbraak bij de heul van de Drie Sluizen en ook de Malesluis werd ernstig beschadigd. Omdat de geërfden en het gerecht daarover geschil hadden, liet het herstel op zich wachten en dreigde de watergraaf van de Eem eind april 1683 o.s. het werk aan de heul van de Drie Sluizen aan te besteden en daarna de kosten op het gewin van de derde penning (= verhoogd met de helft) op de onderhoudplichtigen te verhalen. Op voorstel van de schout van het Hoogland werd toen een akkoord bereikt, volgens hetwelk voor deze keer de kosten van het herstel van de twee sluizen en van een viertal bruggen gedeeld zouden worden. De ene helft zou het gerecht ten laste van de ingezetenen brengen, terwijl de andere helft ten laste van de geërfden kwam. Daarna zou het herstel en onderhoud van alle gemene heulen, sluizen en watergangen over het gehele Hoogland altijd ten laste van de geërfden komen, en dat van alle gemene bruggen ten laste van de ingezetenen. Op 29 april 1683 o.s. namen de geërfden, bijeengekomen in de St Joriskerk te Amersfoort, het voorstel aan en zij wezen gecommitteerden uit hun midden aan om de zaak verder te regelen met het gerecht van het Hoogland en om omslag uit te zetten. De regeling kreeg op 15 mei 1683 o.s. de goedkeuring van de Gedeputeerden der Staten van Utrecht, waarbij de gecommitteerden het recht van parate executie jegens wanbetalers werd verleend.

Een formele schouwbrief werd er niet opgesteld. De taak van de gecommitteerden bestond volgens de resolutie van de geërfden van 29 april 1683 o.s. uit de zorg voor het herstel en onderhoud van de niet- particuliere heulen, sluizen en watergangen die losten op de grote Eem, en uit het heffen van omslag om de kosten daarvan te dekken. In de praktijk hadden de gecommitteerden evenwel alleen de zorg voor de Malesluis en De Drie Sluizen, want zij hadden geen schouwrecht over de watergangen. De kosten gemaakt voor de sluizen werden apart omgeslagen over de landen die door de desbetreffende sluis hun water losten *  . Met de schout en het gerecht van het Hoogland en met de gerechtssecretaris bleven conflicten bestaan over hun tractementen. De gecommitteerden woonden de vergaderingen van schout en gerecht bij, waar omslagen werden uitgezet, teneinde daar het belang van de geërfden te bewaken *  .

Nadat in 1825 de rentmeester van het collegie over de Male- en Drie Sluizen was overleden, waren er geen bestuursleden meer over. Na de grote overstroming in datzelfde jaar werd van hogerhand meer aandacht besteed aan de polder- en dijkbesturen. Zo werd bij Koninklijk Besluit van 2 november 1826 het Reglement voor de administratiekosten der polders, kleindere waterschappen en alle andere soortgelijke besturen binnen de provincie Utrecht vastgesteld *  .

Op last van Gedeputeerde Staten van Utrecht belegde de burgemeester van Hoogland op 9 augustus 1827 een vergadering van geërfden om een nieuw bestuur te kiezen en een penningmeester te benoemen *  .

Twee jaar later droegen de geërfden onder de Coelhorstersluis op voorstel van Willem Reinier baron van Tuijll van Serooskerken, heer van Coelhorst (zelf lid van het college voor de Male- en Drie Sluizen) de zorg voor hun sluis ook op aan dat bestuur *  . Waarschijnlijk was die sluis oorspronkelijk particulier eigendom van de heren van Coelhorst, maar later werd het onderhoud verzorgd door het gemeentebestuur van Hoogland, dat vervolgens de kosten omsloeg over de ingelanden die daardoor hun water losten.

Het nieuwe bestuur voerde de naam van Vereenigde polderdirectiën over de Malesluis, de Coelhorstersluis en De Drie Sluizen. Het beschouwde zichzelf als de voortzetting van de Gecommitteerden van de geërfden van 't Hogheland en zijn taak beperkte zich eveneens tot de zorg voor herstel en onderhoud van de sluizen, waarbij voor elke sluis apart administratie werd gevoerd en omslag geheven.

De schouwbevoegdheid over de watergangen op het Hoogland was nog steeds verdeeld. Over de Malewetering cum annexis werd volgens de schouwbrieven van 1616 en 1773 schouw gevoerd door het college van de Malen en schout en gerecht van het Hoogland gezamenlijk *  . Na de Franse tijd verloren de Malen hun schouwrecht.

Blijkens het schouwreglement van 1851 schouwde het gemeentebestuur toen behalve de wegen ook de Malewetering, de Voortsche wetering, de Liendertse wetering, de Rottewetering, de Duisterwetering, de Bovenwetering en een aantal sloten *  . De onderhoudslast voor wegen en waterlozingen rustte op de aangelanden, terwijl het onderhoud van de Malewetering tussen de brug in de Oudeweg en de Eem vanouds ten laste kwam van bepaalde verhoefslaagden *  . Het heemraadschap van de Eem, beken en aankleve van dien droeg nog steeds de zorg voor het onderhoud van de Oude Eem. Over de overige waterlozingen onder De Drie Sluizen werd gedeeltelijk schouw gevoerd door de gemeentebesturen van Amersfoort en Hoogland gezamenlijk *  .

Evenmin als dat voor de Gecommitteerden uit de geërfden van 't Hogheland het geval was geweest, werden taak en bevoegdheden van de Vereenigde polderdirectiën vastgelegd in een schouwreglement. Hierdoor ontstonden problemen. Binnen het bestuur kwam het tot een conflict tussen W.R. baron van Tuijll van Serooskerken, heer van Coelhorst, en de voorzitter burgemeester Andreas Smitt van Hoogland over het in rekening brengen van administratiekosten en het invoeren van een schouw over de waterleiding naar de Coelhorstersluis in 1840. Een poging van Van Tuijll om het Coelhorsterpoldertje (waarvan hij de grootste geërfde was) weer aan het gezag van de Vereenigde polderdirectiën te onttrekken, lukte slechts tijdelijk. In 1845 nam de militaire genie de Coelhorstersluis en de leisloten op onder de inundatiewerken van de Grebbelinie, zodat Van Tuijll meende, dat het bestuur van de Vereenigde polderdirectiën daarover geen gezag meer had. De sluis werd echter al in 1847 door de genie weer afgestoten, maar ten gevolge van dit incident zijn er voor de Coelhorstersluis tussen 1833 - 1839 en 1846 - 1852 geen jaarrekeningen opgemaakt *  .

Toen het provinciaal bestuur in 1859 bezig was met de voorbereiding van de vaststelling van bijzondere reglementen voor de waterschappen in Utrecht, stelde het voor de drie administraties van de Vereenigde polderdirectiën op te heffen, omdat de onkosten zo gering waren, dat slechts zelden omslagen werden geheven en omdat bovendien de kosten van schouwen, gaderlonen en vacatiën in de regel meer bedroegen dan die voor het onderhoud van de sluis en meermalen geheel alleen het totaal der uitgaven uitmaakten. De gemeente Hoogland zou dan de zorg voor het onderhoud van de sluizen overnemen *  . Van deze gedachte kwam men later terug. De schouwbevoegdheden van de gemeenten werden toen juist overgebracht op de nieuwe waterschappen. De ingelanden van De Malesluis, Coelhorst en De Drie Sluizen hadden zich in 1858 al uitgesproken tegen samenvoeging, omdat zij van mening waren, dat hun waterschappen reeds uitgebreid genoeg waren en ook vanwege hun bijzondere bepalingen niet met een ander konden worden verenigd *  . De bijzondere reglementen voor de waterschappen De Malesluis, Coelhorst en De Drie Sluizen werden vastgesteld door Provinciale Staten op 8 juli 1862. Daarmee werd het voeren van drie administraties onder één bestuur beëindigd.