Na de vorming van het bestuur van het nieuwe waterschap De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee werd in 1862 aan het afgetreden College van directeuren der zeehaven van Spakenburg verzocht om overdracht van de archiefstukken het waterschap betreffende *  . In het archief is evenwel niets van vóór 1861 aanwezig.

De stukken werden aangetroffen grof geordend in bundels van leggers, financiële stukken, ingekomen en minuten c.q. kopieën van uitgaande stukken, notulen en diversen. Bij de inventarisatie werd gebruik gemaakt van hetzelfde schema - in vereenvoudige vorm -, dat gehanteerd werd voor de inventaris van het archief van het hoogheemraadschap De Bunschoter Veen- en Veldendijk. Er werd een selectie gemaakt van vernietigbare stukken volgens de lijst van voor vernietiging in aanmerking komende stukken in de archieven van waterschappen, veenschappen en veenpolders, vastgesteld in 1955. Zie het proces-verbaal van vernietiging na de inventaris.

De vernietigbare circulaires van de provinciale en rijksoverheid e.a., aanwezig in alle waterschapsarchieven, werden verwijderd. Hiervan werd een aparte verzameling gevormd, waarin de stukken in enkelvoud zijn ondergebracht.

Ingevolge besluit van dijkgraaf en heemraden van het waterschap Beoosten de Eem van 12 augustus 1942 vond vernietiging plaats van lijsten van stemgerechtigde ingelanden 1862 - 1928, processen-verbaal van stemmingen 1875 - 1928 en van geleidebrieven *  .

Het archief heeft thans een omvang van 2 m.