Ook uit de keur of politieverordening *  die in 1863 werd vastgesteld, blijkt dat het bestuur zijn toezicht binnen de door Gedeputeerde Staten gestelde grenzen zo ver mogelijk zocht uit te strekken. Bij artikel 1 werd bepaald, dat aan de schouw onderworpen waren alle werken tot kering of lossing van water dienende, alsmede de voorwerpen welke daarvan deel uitmaakten, en in welker onderhoud of instandhouding door daartoe verplichten voorzien moest worden. Bij het volgende artikel werden hiervan weer uitgezonderd de waterlozingen en daartoe behorende werken, over welke schouw werd uitgeoefend door andere autoriteiten of waterschapsbesturen, d.w.z. de grote meerderheid van de binnen de ring gelegen waterstaatswerken. Het provinciaal bestuur was immers van mening, dat deze werken alleen onder de competentie van de kleine, inliggende waterschappen vielen en dat de Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee daarbij geen belang had. De formulering van artikel 1 is dan ook in de keur van 1902 gewijzigd in: 'alle voorwerpen welke voorkomen op de leggers, opgemaakt of nog op te maken naar aanleiding van art. 116 van het Algemeen reglement voor de waterschappen in deze provincie van 4 december 1857 (prov.blad 1858 nr. 19)', d.w.z. die in natura door onderhoudplichtigen onderhouden moesten worden. In de keur van 1912 werd dit artikel weer uitgebreid met een tweede lid, volgens hetwelk alle in de keur genoemde voorwerpen niet vallende onder het bovengenoemde, aan het toezicht van het bestuur op het gebruik en onderhoud werden onderworpen, 'tenzij het belang van het waterschap daarmede in generlei verband staat'.

Na de reglementswijziging van 1915 moest de keur uiteraard vrij ingrijpend worden herzien, omdat daarin o.a. bepalingen betreffende de afmetingen van de hoofdwatergangen in de inliggende waterschappen moesten worden opgenomen, daar deze nu onder de schouw van De Bunschoter Uitwatering in Zee waren gebracht. Hiertegen bestond verzet bij de besturen van de inliggende waterschappen, die in hun eigen keuren de betrokken bepalingen moesten laten vervallen.

De door het bestuur van De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee in het ontwerp voorgeschreven afmetingen waren bovendien veelal ruimer gesteld dan in de keuren van de inliggende waterschappen het geval was, terwijl bij opmeting gebleken was, dat de betrokken waterleidingen bijna alle toch al niet de voorgeschreven breedte en diepte hadden. Gedeputeerde Staten achtten een dergelijke verzwaring van de onderhoudpiicht niet toelaatbaar, maar zij stelden voor, dat het bestuur van De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee eerst zou trachten (op eigen kosten of via een regeling met de waterschapsbesturen of onderhoudplichtigen) de nodige verbeteringen aan de watergangen aan te brengen, daar de voorgestelde afmetingen wél zeer gewenst waren. Dat lukte niet, zodat tenslotte in de keur van 1923/24 de afmetingen werden vastgesteld zoals ze voorheen voorgeschreven waren geweest, terwijl Duist - Nieuweland met succes had geargumenteerd dat in de eigen keur bepalingen omtrent de eigen watergangen (wel bevattende dezelfde voorgeschreven afmetingen als in de keur van de Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee) behouden dienden te worden in verband met de behoefte van dat waterschap aan de inloop van water in de zomer. Het bestuur van de Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee gaf aan Gedeputeerde Staten te kennen voornemens te zijn geleidelijk tot verbetering van de watergangen te geraken. Een jaar later kon het bestuur aan Gedeputeerde Staten berichten, dat de watergangen toen de afmetingen in de nieuwe keur voorgeschreven bezaten, waarna de keur door de provincie werd goedgekeurd *  .

Bij de oprichting van het waterschap in 1861 had de burgemeester van Bunschoten tevens watergraaf Wouterus Beukers daarmee ook beoogd een verbetering van de waterlossing te bereiken. Hij was bovendien secretaris-penningmeester van alle kleine waterschappen onder Bunschoten en ingeland in Duist - Nieuweland, waardoor hij nauw betrokken was bij de voorstellen, die in dat waterschap (toen nog De Duist) gedaan waren in 1848 en 1858 voor verbetering van de waterlossing door het opnieuw leggen van een sluis in de Veendijk en reorganisatie van het waterstaatkundig bestuur in de regio *  .

In 1863 stelde hij dan ook aan de vergadering van ingelanden van De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee voor door een deskundige een plan te laten maken voor een uitwateringssluis aan het eind van de Groeneweg. Daarnaast informeerde het bestuur zich over de mogelijkheden van een stoomgemaal. Op de vergadering van ingelanden van 22 maart 1864 werd op voorstel van mr F.G.R.H. van LiIaar (die mede het rapport van de commissie van ingelanden van De Duist in 1858 had opgesteld) en H.G. van den Bergh besloten een nader onderzoek in te stellen naar de mogelijkheid van samenvoeging van alle polders beneden de Vudijk tussen de Eem en de Laak onder één bestuur en de oprichting van een stoomgemaal voor het hele gebied. Ook wilde men een adres richten aan Provinciale Staten, teneinde verhoging van de Slaagse dijken te verkrijgen. Geen der waterschapsbesturen onder Hoogland bleek echter iets te voelen voor de samenvoeging en een gemeenschappelijk stoomgemaal. Daarom werd besloten tot de oprichting van een kleine stoommachine op de Spakenburgergracht, alleen voor de landen in De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee *  .

Het stoomschepradgemaal werd gebouwd in 1869 *  . Een voorstel om ook de Grote Pikmanspolder in het waterschap Eemland in de bemaling op te nemen, werd door de geërfden van die polder afgewezen *  . Door de werking van het gemaal stortte in 1876 de oostelijke boord van de Spakenburgergracht tussen de keersluis van het gemaal en de zeesluis in. Er werd een kaaimuur langs het ingestorte gedeelte gelegd, waarna dat werd aangeplempt. In 1880 werd de zo verkregen grond voor woningbouw verkocht of uitgegeven in recht van opstal *  . Het was toen wel duidelijk geworden, dat het gemaal niet voor zijn taak berekend was. Opnieuw werd een onderzoek gedaan naar verbetering van het bestaande gemaal en naar oprichting van een tweede stoomgemaal aan de Bloklandssluis, waarbij ook de beide Pikmanspolders in Eemland betrokken konden worden. Op grond van het rapport van ir J.W.J. Backer uit Rotterdam werd in 1884 besloten het gemaal te Spakenburg in zijn bestaande toestand te laten, daar verandering te riskant werd bevonden. Daarnaast voelden de ingelanden van Duist - Nieuweland niets voor de bouw van een tweede stoomgemaal aan de Bloklandssluis. Het bestuur van dat waterschap kwam (weer) met een voorstel om een sluis te doen leggen in de Veendijk. Men werd het niet eens over de verdeling van de kosten van aanleg en onderhoud van een dergelijk werk *  .

Vanaf december 1909 werden de pogingen om de bemaling te verbeteren, weer hervat na een verzoek daartoe van het bestuur van de veehoudersvereniging te Bunschoten. De wens was, dat de polders ook 's winters droog gehouden zouden worden, hetgeen in vroeger tijden nooit gelukt was. Volgens het bestuur vond dat zijn oorzaak in de hogere wel in de winter, de doorloop van water door de Laakkade en het overlopen van water uit De Haar over de Bisschopsweg. Ook waren de meningen van de landeigenaren over de wenselijkheid van het 's winters droog houden, verdeeld. Sommigen meenden, dat land dat 's winters onder water stond, meer gras gaf. Men onderzocht de drie mogelijkheden opnieuw. Vergroting van het stoomgemaal bleek duur, oprichting van een tweede stoomgemaal werd door de vergadering van stemgerechtigde ingelanden op 18 juni 1912 met grote meerderheid van stemmen verworpen. Afscheiding van Duist - Nieuweland van de bemaling te Spakenburg en aansluiting bij de bemaling van De Haar was door het bestuur van dat waterschap al in 1909 als mogelijkheid verworpen. Men liet de zaak weer rusten *  .

In augustus 1917 verzochten de besturen van de waterschappen Noorder, Bikkers en Blokland met het oog op de treurige watertoestand om middelen in het werk te stellen tot verbetering van de waterlossing. Het bestuur besloot een proef te nemen met een pomp met locomobiel voor hulpbemaling aan de Eemdijk, maar die machine bleek al na een paar dagen veel te klein te zijn. Met het ingenieursbureau De Wit te Amsterdam (dat al in 1914 een rapport had uitgebracht over de verbetering van het stoomschepradgemaal te Spakenburg) werd gesproken over plannen voor een hulpgemaal aan de Bloklandssluis of aan het eind van de Groeneweg. Tenslotte werd besloten het hulpgemaal te plaatsen bij het oude gemaal te Spakenburg, met de bedoeling een definitieve verbetering van de bemaling te bereiken na de oorlog. Daartoe was aan het ingenieursbureau De Wit ook opgedragen rapport uit te brengen over de mogelijke verbeteringen aan de waterleidingen, die het water naar het gemaal moesten afvoeren, dit mede onder druk van Gedeputeerde Staten. Het bestuur besloot het rapport betreffende de weteringen, dat in maart 1918 gereed kwam, voorlopig als ter inzage te beschouwen vanwege de hoge kosten. De uitvoering van de voorgestelde werken zou, als het zover kwam, in gedeelten moeten plaatsvinden *  .

Inmiddels begon men te denken over elektrificatie van de bemaling. Kort tevoren was de hoogspanningsleiding van Naarden naar Bunschoten aangelegd. In maart 1919 werd aan de Provinciale Utrechtsche Electriciteits-Maatschappij opdracht gegeven rapport uit te brengen over de mogelijkheden op dit punt. Het voorstel tot oprichting van een elektrisch aangedreven bemalingsinstallatie te Spakenburg met een waterverplaatsing van 160 m3 per minuut werd aangenomen door de vergadering van stemgerechtigde ingelanden op 12 februari 1920. Het volgende jaar kwam de nieuwe installatie gereed, zij het dat de kosten aanzienlijk hoger bleken te zijn dan was geraamd. Door de stormvloed van 6/7 november 1921, die dijkbreuken ten gevolge had, kwam het gehele gebied weer onder water te staan. Met het streven naar verbetering van de weteringen werd een aanvang gemaakt bij de herziening van de keur, die in 1922 moest plaatsvinden (zie hiervóór). De nieuwe keur kon pas in 1924 definitief worden vastgesteld, omdat eerst een aantal watergangen op de voorgeschreven afmetingen moest worden gebracht. Pas in 1926 kon een eind komen aan een jarenlang conflict over de aanwezigheid van drie dammen in de dijkwetering in het Sint Nicolaas- en Rikvisscherswaterschap door vervanging daarvan door bruggen op kosten van de Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee *  .

In datzelfde jaar werd de ontwikkeling in gang gezet door dijkgraaf A.J. Looxma van Weideren baron Rengers om te komen tot een gemeenschappelijke organisatie van de bemaling van alle polders onder Bunschoten en Hoogland, afgerond met het sluiten van de overeenkomst tot gemeenschappelijke bemaling tussen het hoogheemraadschap en de waterschappen De Haar, De Gecombineerde Stoombemaling van de Zelderdsche Wetering en De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee. Het ingenieursbureau De Wit had aan dijkgraaf en heemraden van de Bunschoter Veen- en Veldendijk rapport uitgebracht over de noodzakelijke werken aan de watergangen en de elektrificatie van de gemalen op de Haarse- en Zeldertse weteringen.

De belangrijkste hieruit voortkomende veranderingen van de waterlossing binnen de Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee betroffen het met elkaar in verbinding brengen van de Noorder-, Bikkers- en Sint-Nicolaasdwarsweteringen, en van de Bloklands- en Sint-Nicolaasdwarsweteringen met de Neerduisterwetering ten noorden van de Bisschopsweg. Laatstgenoemde wetering werd op drie plaatsen verbonden met de Haarse- en Bennekommerwetering, waarop het verbeterde Haarse gemaal stond. Door de Neerduist werd de Nieuwe Tochtsloot aangelegd. De ontwatering van de landerijen tussen Groeneweg en Laak en ten zuiden van de Smeerweg werd door het leggen van duikers verbeterd. De vergadering van stemgerechtigde ingelanden van De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee besloot op 21 december 1926 alle hoofdwatergangen te laten uitdiepen tot 1.20 m beneden NAP.

In augustus 1927 kwam vervolgens het voorstel van Gedeputeerde Staten betreffende de bestuurlijke reorganisatie van de waterstaatkundige toestand. Er zouden twee waterschappen gevormd worden genaamd Beoosten de Eem (bestaande uit De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee, De Haar, de Grote- en Kleine Pikmanspolders en Noord-Eemland) en Groot Zeldert (bestaande uit Over- en Neerzeldert, De Hond, De Slaag en de rest van Eemland). De waterschappen onder Hoogland wensten echter de grens te leggen bij de gemeentegrens tussen Bunschoten en die gemeente, terwijl Eemland liever drie nieuwe waterschappen zag in de gemeenten Bunschoten, Hoogland en Baarn met een apart bestuur voor de gehele bemaling. De Bunschoter polders hadden dan nog liever samenvoeging van het gehele gebied in één waterschap. Gedeputeerde Staten zagen daarop af van hun voornemen twee nieuwe waterschappen te vormen, daar dat toch slechts als overgangsmaatregel bedoeld was. Het waterschap Beoosten de Eem, opgericht bij besluit van Provinciale Staten van 4 juli 1928 (prov.blad nr. 61), werd een feit op 1 januari 1929 *  .