Het bestuur bestond bij de oprichting van het waterschap uit een watergraaf en twee heemraden. Het College van directeuren van de zeehaven van Spakenburg had vier leden geteld. De bestuursleden van De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee dienden een grondbezit van vijf bunders te hebben om verkiesbaar te zijn. In 1915 werd bij de reglementswijziging ook de samenstelling van het bestuur gewijzigd. Het aantal heemraden werd uitgebreid tot zes, een te kiezen in elk van de inliggende waterschappen. Het vereiste grondbezit werd teruggebracht tot twee hectare, gelegen in het district (waterschap), voor hetwelk de verkozene zitting nam. Bestuursleden van de inliggende waterschappen konden niet als heemraad namens een ander district optreden, dit teneinde een evenwichtige vertegenwoordiging van alle waterschappen in het bestuur te verzekeren.

In dienst van het waterschap De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee waren een secretaris-penningmeester, een bode en de machinist van het gemaal. Van 1862 tot zijn dood in 1896 was de burgemeester van Bunschoten Wouterus Beukers behalve watergraaf ook secretaris-penningmeester. Hij had ook een groot aandeel in de totstandkoming van het waterschap gehad.