In 1649 zorgden de pas aangestelde hoofdman en heemraden voor de aanleg van de opgaande Broerswetering en van de brug in de Spakenburgerweg met de schotdeuren op kosten van de gemene geërfden, dus van de nieuwe polder. Dit gold waarschijnlijk ook voor de aanleg van de dwarswetering midden in het veld en van de zijlen in de Veldendijk en in de Spakenburgerweg. De weteringen langs de dijk en langs de hoven aan de Spakenburgerweg werden door de aangelanden op eigen kosten aangelegd.

Als schadevergoeding voor het verlies van land kon elke geërfde kiezen tussen het aanvaarden van de uitgegraven aarde of een uitkering in geld na taxatie door twee onpartijdigen. In het laatste geval werd de uitgegraven aarde ten behoeve van de polder verkocht. Werd door de aanleg van de middellandse dwarswetering een klein stukje (minder dan een halve dammaat) van iemands land afgesneden en de eigenaar wilde dat verkopen, dan kon de aangrenzende geërfde het kopen na taxatie als boven. Wenste deze dat niet te doen, dan werd het door het polderbestuur gekocht. Deze zelfde regeling was ook toegepast bij de aanleg van de weteringen in Bickerspolder in 1641. De polder werd met schuttingen en dammen afgesloten voor vreemd water. Het onderhoud van de opgaande wetering, van de brug in de Spakenburgerweg en van de zijlen kwam voor rekening van de polder. De aangelanden of hun pachters moesten de weg- en dijksloten, de dwarswetering, de opgaande sloten en de dwarssloten (die scheisloten waren) aan het eind van hun land uit de schouw houden. Er werden twee schouwen gevoerd in mei en augustus, waarbij de sloten om en om geschouwd werden. De aangelanden dienden ook de schuttingen en dammen te onderhouden, alleen vernieuwing kwam voor rekening van de polder. Niet ieder was gelukkig met de nieuwe gang van zaken. Jacob Peterss. Beuckelaer verzette zich door de dwarswetering bij de net gegraven brugsluis weer te dempen. Hij kreeg bevel van de Gedeputeerden der Staten van Utrecht om de wetering binnen twee maal 24 uur weer te doen opgraven. Bij herhaling werd hem een boete van 25 Nederlandse rijders in het vooruitzicht gesteld *  .

Tussen 1668 en 1671 waren de geërfden in de Noorderpolder ook betrokken bij het plan om in de Blekers-, Noorder- en Rijck Visscherspolders 's winters het zeewater in te laten om de vruchtbaarheid van de grond door het bezinken van slib te vergroten. Het plan werd gesteund door enige Amsterdamse regenten, erfgenamen van Jan Bicker. Er is tenslotte niets van gekomen *  .

Door de inlaag in de Veldendijk, die na de stormvloed van 1702 werd aangelegd, werd een deel van de Noorderpolder afgesneden. Het nu buitendijks gelegen land werd gekocht door het dijkbestuur om aarde uit te graven voor de nieuwe dijk. De 'nieuwe bekaaide polder' is in 1711 in kaart gebracht. Zo ontstonden de poldermaten, die als weiland werden verpacht door het hoogheemraadschap *  .

Volgens het schouwreglement dat opgesteld werd in 1825 en bekrachtigd in 1843, werd de eerste schouw in april alleen gevoerd over de sloten achter de huizen en hofsteden aan de Spakenburgerweg en de tweede schouw in september over de gehele polder. Onder de werken waarvan het onderhoud ten laste van de polder kwam, viel nu ook de Noordersluis. Deze werd in 1854 grondig gerepareerd. Dat was opnieuw nodig in 1876, 1901 en 1922 *  . Na de overstroming in 1877 moest de brug in de Spakenburgerweg vernieuwd worden. Hiervoor werd een geldlening aangegaan *  . In 1882, 1886/87 en 1889 werd de houten schoeiing van de Broerswetering bij gedeelten vervangen door een bazaltmuur *  .

De voorgeschreven breedte van de watergangen wisselde nogal in de loop der tijd. Bij de aanleg in 1649 moesten de Broerswetering en de dwarswetering 9 voet wijd zijn en 4 voet diep (d.i. resp. ± 2,83 m en ± 1,25 m) *  . Het schouwreglement van 1825/1843 schreef een breedte voor van 4,4 m en een diepte van 1,2 m voor de Broerswetering. In de keur van 1859 werd voor de dijk- en dwarswetering een breedte van 2,5 m en een diepte van 1 m voorgeschreven. Bij ampliatie van de keur werd dit in 1918 op respectievelijk 3 m (ter hoogte van 0,2 m beneden N.A.P.) en 1 m gesteld. Toen de keur in 1919 herzien moest worden, wensten Gedeputeerde Staten de voorgeschreven afmetingen te stellen op minstens 4 m en 1,25 m, omdat dit nodig was voor een betere afvloeiing van het water naar het stoomgemaal te Spakenburg. Ook wilde het provinciaal bestuur het bepalen van de afmetingen van de weteringen voortaan overlaten aan het waterschap De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee, dat sinds 1915 was belast met het toezicht op de hoofdwaterleidingen van de inliggende waterschappen. Evenals de andere besturen van die waterschappen verzette het bestuur van het Noorderwaterschap zich tegen dit voornemen, maar behalve het bestuur van Duist-Nieuweland lukte het geen van alle om de bepaling in de eigen keur te behouden. In de laatste keur van het Noorderwaterschap, vastgesteld in 1920/1921 komen nog slechts bepalingen inzake de afmetingen van sloten, duikers en heulen voor. Bij ampliatie van de keur in 1880 was vastgesteld, dat de sloten met een wijdte van minder dan 1,5 m moesten worden afgestoken en gebracht op een wijdte van 1,98 m. Voor het afsteken op kosten van de onderhoudplichtigen werd door het bestuur een beëdigd afsteker aangesteld *  .

Het Noorderwaterschap had geen wegen in beheer en onderhoud. Wel waren volgens de schouwbrief voor de wegen in het gerecht Bunschoten van 1726 de aangelanden verplicht de weg langs hun landen te onderhouden *  . In 1848 besloten Gedeputeerde Staten een commissie in te stellen voor de verbetering van de weg van Bunschoten naar Spakenburg. Daarna nam de gemeente Bunschoten in 1859 de onderhoudslast over tegen betaling van een afkoopsom door de onderhoudplichtigen *  . De weg over en langs de Veldendijk was eigendom van het hoogheemraadschap, dat de weg in 1873 liet begrinden. Tussen 1905 en 1912 werd het grind vervangen door bestrating *  .

De uitmonding van de Broerswetering in de Spakenburgergracht lag dicht bij het in 1921 gestichte elektrische gemaal. De in 1926 gesloten overeenkomst inzake gemeenschappelijke bemaling tussen de waterschappen De Bunschoter en Duister Uitwatering in Zee, De Haar, De Gecombineerde Stoombemaling van de Zelderdsche Wetering en het hoogheemraadschap van de Bunschoter Veen- en Veldendijk bracht het Noorderwaterschap niet zozeer verbetering van de waterlossing.

Het zuidelijk deel van de Noorderdwarswetering werd verdiept tot 1.10 m -N.A.P. en via bestaande sloten in verbinding gebracht met de Bikkersdwarswetering om de waterafvoer vanuit de Bikkerspolder te verbeteren. Met de andere polders werd het Noorderwaterschap in 1928 opgeheven en vervangen door het waterschap Beoosten de Eem *  .