Het bestuur van de Rijck Visscherspolder bestond in de 17e eeuw uit een hoofdman of keurmeester en twee heemraden, die elk een ambtstermijn van twee jaar hadden. Van de heemraden trad er jaarlijks een af. De verkiezing vond plaats op Sint Petersdag ad cathedram (22 februari) in de kerk te Bunschoten. Hoofdman en heemraden waren niet direct herkiesbaar. De hoofdman trad tevens op als rentmeester. Hij moest rekening doen ten overstaan van de geërfden.

De Sint-Nicolaaspolder kreeg in 1651 een bestuur van een hoofdman en vier heemraden. Eerstgenoemde had een ambtstermijn van drie jaar, de anderen van twee jaar, waarbij er jaarlijks twee aftraden. De verkiezingsdag was vastgesteld op de eerste dinsdag in april. De geërfden kwamen dan ook weer bijeen in de kerk van Bunschoten. Hoofdman en heemraden wezen een uit hun midden aan als rentmeester.

In grote lijnen werd deze regeling in 1759 opnieuw vastgelegd. De verkiezingsdag werd nu bepaald op Sint- Pietersdag, zoals in veruit de meeste polders gebruikelijk was. De beloning voor het voeren van de schouw werd vastgesteld op vier gulden acht stuivers voor de hoofdman en op drie gulden acht stuivers voor elk van de heemraden. Daarnaast ontvingen zij de opbrengst van de schouwboeten en bij de uitzetting van de omslag ieder zes stuivers. De hoofdman werd aangewezen als rentmeester, waarvoor hij van iedere gulden van de omslag een stuiver acht penningen zou ontvangen.

Hij was verplicht binnen een jaar na het verloop van zijn ambtstermijn rekening te doen op straffe van verbeurte van zes ducatons. Hoofdman en heemraden moesten binnen het gerecht van Bunschoten woonachtig zijn en zij konden alleen weigeren hun verkiezing te aanvaarden, als zij een boete van tien zilveren ducatons betaalden.

Vanaf 1827 was er een aparte, vaste penningmeester voor de Sint-Nicolaaspolder, die ook als zodanig fungeerde in de Rikvisscherspolder. Na de vereniging van beide polders in 1858 bleef hij in functie als secretaris-penningmeester. Het waterschap had een bestuur van een hoofdman en vier heemraden. In deze tijd waren er behalve de secretaris-penningmeester een bode, sluiswachter en een beëdigd afsteker van slootkanten in dienst.