De wordingsgeschiedenis van dit waterschap verschilt enigszins van die van de andere waterschappen in de streek. De polder Eemland valt samen met het rechtsgebied van de stad Eembrugge, voor zover gelegen op de oostoever van de huidige Eem. Waarschijnlijk is het kerkje van Ter Eem - later Eembrugge - rond 1200 gesticht. In 1254 werden de rechten op tiend en gerecht in Ter Eem door de abt van de St Paulusabdij te Utrecht gesplitst naar aanleiding van een geschil tussen de broers Van Lochorst: Adam kreeg de rechten op de westoever van de Eem, Johannes die op de oostoever. Al vóór 1300 moet het gerecht op de oostoever echter zijn overgedragen aan de bisschop.

In dat jaar wordt voor het eerst de naam 'Emebrucge' vermeld, hetgeen inhoudt dat er daarvóór al een brug over de Eem op die plaats moet zijn gebouwd. Ook moet er toen al enige tijd een versterkt huis Ter Eem hebben gestaan *  . Dat werd in 1348 door bisschop Jan van Arkel in pand gegeven aan de domproost Sweder Uter Loe, die het geld voor de herbouw van het huis had voorgeschoten. Deze moest er evenwel in 1354 weer uit verdreven worden door de bisschop met hulp van de stad Utrecht *  .

Eembrugge heeft waarschijnlijk voor het eerst stadsrecht gekregen van bisschop Jan van Diest tussen 1336 en 1340 *  . In 1363 (na de afscheiding van Eemnes Buitendijks) werd het stadsrecht bevestigd door bisschop Jan van Arkel. De grenzen op de oostoever van de Eem werden omschreven als de wetering van Zeldrecht in het zuiden, De Haar in het oosten en Bunschoten aan de noordzijde. De schepenen voerden drie maal per jaar schouw over 'den dijck ende die weghe', zoals zij vanouds gedaan hadden *  .

Dit betreft het gebied zowel op de oost- als op de westoever van de Eem, daar het latere Eemnes Binnendijk toen nog niet was afgescheiden van Ter Eem of Eembrugge. Ook in het stadsrecht dat bisschop Rudolf van Diepholt in 1439 aan Binnendijk verleende, is sprake van de schouw, die vanouds door de schepenen werd gevoerd en die nu op de westoever overging op het nieuwe bestuur *  . Toen elders in de loop van de 15e eeuw heemraden werden aangesteld, bleven de waterstaatszaken in het gerecht van Eembrugge een aangelegenheid van schout en schepenen.

Zij voerden tevens schouw over dat gedeelte van de Veldendijk (tussen de Eembrug en de grens met Bunschoten), dat in hun gerecht lag *  . En hun recht om de wegen te schouwen werd hun tegen de maarschalk van Eemland bevestigd door het Hof van Utrecht in 1577 *  .

In 1467 werd bij de arbitrale sententie van de maarschalk van Eemland aangaande de Veendijk bepaald, dat de geërfden in Eemland en de andere buitenpolders in de toekomst de helft van de kosten van land en aarde nodig voor het leggen van een inlaag in die dijk moesten bijdragen *  . Bij de ordonnantie van Karel V van 18 oktober 1533 betreffende onderhoud en schouw van de Veen- en Veldendijken werd opnieuw bepaald, dat de geërfden onder de Veendijk te Bunschoten het recht behielden om in de toekomst de geërfden in de buitenpolders aan te spreken om hulp bij het onderhoud van die dijk *  .

Dat gebeurde in 1578, nadat zich in de jaren daarvóór herhaaldelijk dijkbreuken en overstromingen hadden voorgedaan, terwijl in 1577 eerst de Veendijk en daarna de Veldendijk waren doorgebroken. Opnieuw kwam nu een arbitrale sententie tot stand, volgens welke de geërfden te Bunschoten boven het overschot van de pachtopbrengst van de Zijdwind (na aftrek van de onderhoudskosten van andere werken) een derde deel van de dan nog resterende onderhoudskosten van de Veendijk zouden inbrengen, waarna de rest dammaat dammaatsgelijk zou worden opgebracht door de landerijen onder Bunschoten en in de buitenpolders gezamenlijk *  .

De geërfden in Eemland legden zich evenwel pas in 1585 bij deze regeling neer *  , omdat zij stelden niet te hoeven bijdragen, daar ze hun eigen dijken zouden herstellen en onderhouden.

Dat was hun al in 1580 bevolen door het Hof van Utrecht *  , maar blijkens de procedure die de geërfden onder de Veen- en Veldendijken wonende te Utrecht en te Amersfoort, vanaf 1582 voerden voor de Staten van Utrecht tegen de dijkplichtige geërfden onder Bunschoten, Eemland en De Slaag om hen te dwingen hun dijken te herstellen *  , kwam er weinig van terecht. Begin 1582 was de Veldendijk weer doorgebroken *  .

Ook na de stormen van oktober 1601 en 23/24 februari 1602 is er sprake van overstromingen en dijkschade *  . Bij de onderhandelingen over een regeling voor het herstel en onderhoud van de Veldendijk in het voorjaar van 1603 zeiden de geërfden van Eemland en De Slaag toe hun eigen dijken te zullen onderhouden conform de afmetingen van de Veldendijk (die verhoogd en verzwaard zou worden) onder een generale en gemene schouw, mits zij dan vrijgesteld zouden zijn van de bijdrage in de kosten van de Veldendijk *  .

Deze toezegging werd echter niet opgenomen in de sententie arbitrael betreffende de Veldendijk *  , die in augustus 1603 tot stand kwam en waarbij het heemraadschap van de Bunschoter Veen- en Veldendijken werd opgericht. Daarin werd alleen uitgesproken, dat dijkgraaf en heemraden zorg dienden de dragen, dat de Slaagse- en Eemlandse dijken aan 'ghelijcke ende dieselve ordre' werden onderworpen als de Veen- en Veldendijken. Het dijkbestuur meende hieraan een recht van toezicht op de Slaagse- en Eemlandse dijken en de Vudijk te kunnen ontlenen, maar het had steeds moeite om dat recht ook uit te oefenen.

In 1654 vroegen dijkgraaf en heemraden toestemming aan de Staten van Utrecht om de Eemlandse dijk te mogen laten herstellen op kosten van de onderhoudplichtigen en het volgende jaar werd hun inder-daad toegestaan de dijk te schieren, maar in 1657 constateerden zij weer, na de stormvloed van 24 juni n.s., dat de Eemlandse dijk wel twee voet lager was dan de Veen- en Veldendijken. Een besluit om een verslag van de toestand van de Eemlandse en Slaagse dijken aan de Staten te zenden werd aange-houden, nadat het gerecht van Eembrugge de Staten verzocht had om machtiging tot het verhogen en verzwaren van de Eemlandse dijk. Ook werd het in 1659 verboden vee over de dijk te drijven, omdat die daarvan teveel te lijden had *  .

In december 1665 viel er opnieuw een gat in de dijk bij het huis Ter Eem. Aanzeggingen van het bestuur van de Veen- en Veldendijken aan het gerecht van Eembrugge om toe te zien op het herstel daarvan, hielpen niet, waarna dijkgraaf en heemraden zich wendden tot het Hof van Utrecht en tot de Staten. Op 30 april 1667 o.s. verkregen zij een kantbeschikking van de Gedeputeerden der Staten op hun verzoek-schrift, waarbij werd bepaald, dat de dijk vanaf de Eembrug naar zee, voor zover die onder opzicht en schouw van schout en gerecht van Eembrugge viel, moest worden verhoogd en verzwaard conform de sententie arbitrael van de Veldendijk van 1603.

De afmetingen werden aangegeven, evenals voor de Eemlandse dijk vanaf de Eembrug in de richting van Amersfoort. Schout en gerecht van Eembrugge moesten erop toezien, dat de dijkplichtigen hiervoor zorgden. Dijkgraaf en heemraden werden gemachtigd om het werk zo nodig te doen uitvoeren op kosten van de onderhoudplichtigen en op het gewin van de derde penning, drie weken nadat zij de betrokkenen daarvan aanzegging hadden gedaan. Bij doorbraak van de dijk moest het herstel binnen 14 dagen na kennisgeving door het dijkbestuur worden uitgevoerd *  .

Op dezelfde dag werd ook door de Gedeputeerden goedkeuring verleend aan de schouwbrief van de Eemse hoge en lage dijken, die de geërfden van Eembrugge hadden ontworpen. Schout en gerecht van Eembrugge zouden de hoge dijk schouwen op 1 mei en 2 oktober, en de lage dijk langs de buitenmaten op 24 juni. Bij doorbraak moest de dijkplichtige het gat binnen 14 dagen herstellen, anders volgde aanbesteding door schout en gerecht met drie gecommitteerden uit de geërfden (één uit Utrecht, één uit Amersfoort en één uit Naarden) op het gewin van de derde penning voor de schout. Gebeurde dat niet, dan kon het dijkbestuur van de Veen- en Veldendijken optreden *  .

Deze regeling schijnt goed gewerkt te hebben. Wel werd Eembrugge bij de stormvloed van 1702 zodanig verwoest, dat het niet meer in zijn vroegere staat hersteld werd. De kerk moest worden afgebroken en van het slot Ter Eem bleef slechts een bouwval over. Maar over problemen rond de Eemlandse dijk wordt in de 18e eeuw weinig vernomen.

Bij de storm en overstroming op 4 februari 1825 ontstond een doorbraak - het zogenaamde Kleine Gat - ten zuiden van de Haarse wetering en bovendien een gat voor het land van de Domeinen bij de Bisschopsweg. De herstelde dijk werd op dezelfde plaatsen opnieuw beschadigd bij de storm van maart 1827 *  . Hierna liet de gouverneur van Utrecht (in 1828) de geërfden bijeengeroepen door de burgemeester van Baarn om te beraadslagen over verandering van het dijkbeheer.

De dijk was nog altijd eigendom van bepaalde geërfden: de stad Amersfoort (vanwege het jaagpad dat over de dijk liep) en enige aangelanden. Zij waren ook de onderhoudplichtigen. Besloten werd een apart bestuur voor de dijk in te stellen; men voelde er niets voor om het bestuur van de Veen- en Veldendijk met directie en beheer te belasten.

Volgens het nu opgestelde ontwerp-reglement *  zou de dijk voortaan uit één hand worden onderhouden voor rekening van de verhoefslaagden van het betrokken dijkvak naar evenredigheid van hun slag binnen dat vak. Voor het gewone onderhoud werd de dijk verdeeld in zes vakken, en voor het buitengewone onderhoud in drie vakken. Een dergelijke regeling, maar in eenvoudige vorm, bestond ook voor de Slaagse dijken. Tevoren dienden alle verhoefslaagden hun oude slag in goede orde op te leveren. Het bestuur - bestaande uit de burgemeester van Baarn en de drie voornaamste geërfden - zou driemaal per jaar schouw voeren. Dit reglement is nooit in werking getreden, zonder dat de reden daarvan bekend is. Maar het feit dat de gemeente Amersfoort eigenaar was van een groot deel van de Eemlandse dijk en tevens een fel tegenstander van de verhoging van de Slaagse dijken (die bij hoge vloed op de Eem als overlaat fungeerden), zal hiermee wellicht verband houden.

Over de regeling van de waterhuishouding in de polder Eemland in de middeleeuwen is weinig bekend. Volgens het stadsrecht van Eembrugge van 1363 ging de schouw van schepenen over de dijk en de weg(en), de weteringen of sloten worden niet vermeld. Verondersteld kan worden, dat de waterlossing een particuliere aangelegenheid van een of enkele geërfden was, die elk een eigen sluisje in de dijk hadden. Dit was oorspronkelijk ook onder Bunschoten te velde het geval.

Zo bevatten de Costuymen en Usantiën van 't Eemsche Quartier, die in 1569 op schrift gesteld werden op verlangen van de hertog van Alva, o.a. de volgende bepaling: als een sluis wordt beschouwd (door het bestuur, dat schouw voerde over de dijk) waarover geen hoofdman of overman is aangesteld, dan verbeurt elke geërfde te Eembrugge - waarover nochtans controversie bestaat - en elk opgaand erf op andere plaatsen bij de eerste drie malen telkens een dubbele stuiver en bij de vierde maal een hoge ban van tweeënveertig stuivers, uitgezonderd te Bunschoten, waar men de hoge ban al verbeurt bij de eerste schouw *  .

In later tijd zijn onder Bunschoten en in het noorden van Eemland een aantal kleine sluizen samengevoegd - gedicht en vervangen door één grotere - waarbij natuurlijk een bijbehorend systeem van afvoerwaterleidingen naar die sluizen werd aangelegd. Voor het beheer hiervan zijn polderbesturen ingesteld in de 17e eeuw. In het zuiden van Eemland heeft deze ontwikkeling geen stand kunnen houden en daar was de waterlossing in de 19e eeuw een particuliere zaak tot de oprichting van het waterschap Eemland in 1864.

Zo werd op 1 september 1614 o.s. door de Staten van Utrecht goedkeuring verleend aan een schouwreglement voor een sluis in de Eemlandse dijk, opgesteld door de geërfden onder of omtrent het Huis Ter Eem *  . Op gezamenlijke kosten wilden zij een nieuwe sluis aanleggen op de plaats, waar tot dan toe de sluis van de landcommandeur van de Duitse orde binnen Utrecht en van Willem Willemsz. c.s. gelegen had. In het verbaal betreffende de ligging van de zijlen in de Veldendijk d.d. 30 april 1629 o.s. *  wordt deze sluis genoemd de Commandeurs- of Commanderijensluis. Daar het land van het Duitse Huis blijkens de gaderlijst van het zeedijkgeld van 1738/39 *  op de dijkkaart van 1666 *  nr 486 had, moet dit de latere Grote Pikmanssluis zijn.

Volgens het schouwreglement van 1614 kwamen voor gezamenlijke rekening de aanleg en het onderhoud van de sluis en van de buitendijkse tochtsloot op een wijdte van 8 voet. Ook waren de geërfden gezamenlijk onderhoudplichtig voor een halve roede van de dijk aan weerszijden van de sluis, behalve de twee direct aangrenzende (bovengenoemde) geërfden, die echter wel verplicht waren de benodigde aarde te leveren. Het onderhoud van de sloot langs de binnenzijde van de dijk kwam voor rekening van degenen die daarin hun water losten, ook als hun land niet rechtstreeks aan de dijksloot grensde. De scheisloten moesten worden onderhouden door de aangelanden.

Voor het beheer van de gemeenschappelijke werken en voor het voeren van de schouw werden jaarlijks twee heemraden gekozen, die weer uit de pachters of eigenaars wonende Ter Eem een hoefmeester mochten aanstellen voor het toezicht op de sluis en de tochtsloot. Ter dekking van de kosten werd per dammaat omslag geheven. In de eerste helft van de 19e eeuw had de Grote Pikmanspolder een bestuur van twee schouwmeesters en een penningmeester, dat schouw voerde en zorg droeg voor beheer en onderhoud van de sluis en de buitenwetering naar de Eem, en dat daarvan op onregelmatige tijden rekening en verantwoording aflegde *  .

Er is geen schouwreglement van de Kleine Pikmanspolder bekend. Blijkens het bovenvermelde verbaal betreffende de ligging der zijlen van 1629 lagen er toen twee sluizen in die polder: Ruth Meijnss.sluis, dienend voor de waterlozing van circa 32 dammaten en gelegen tussen de Haarse sluis en het Huis Ter Eem, en 't Hulleken, de sluis voor het Huis Ter Eem, het land van de Domeinen en voor circa 12 dammaten. De Kleine Pikmanssluis lag later ongeveer op de plaats van Ruth Meijnss.sluis *  . Het bestuur van de Kleine Pikmanspolder bestond in de eerste helft van de 19e eeuw uit een hoofdman en een heemraad, behalve tussen 1833 en 1845 toen er geen bestuur was. Een schouwreglement ontbrak ook toen *  .

De naam Pikmanspolder is een verbastering van Spijckmans landt, een plaatsaanduiding die voorkomt in het proces-verbaal van verpachting van de polder De Haar van 1578 *  .

De bewoners van de dorpen in het maarschalkambt Eemland hadden vanouds bepaalde verplichtingen ten aanzien van het huis Ter Eem. Zo beklaagde de ridderschap zich op 7 oktober 1535 bij Karel V, dat die van het platteland van Eemland 's winters de grachten van het Huis Ter Eem moesten open bijten, turf moesten halen uit het veen, mest moesten vervoeren e.d., zeer tot hun last *  .

Ook in 1625 verplichtten de Gedeputeerden der Staten van Utrecht de gerechten in Eemland tot het schoonmaken en uitdiepen van de grachten binnen en buiten het fort en tot het verdere onderhoud daarvan *  .

In 1650 kwamen de geërfden ressorterende onder twee heulen in de Eemlandse dijk tussen de Haarse wetering en het huis van Cornelis Willemsz. overeen om op gezamenlijke kosten een nieuwe sluis te doen leggen, zuidwaarts van het huis van Aart Willemsz., omdat een van de heulen vervallen was *  . Ook zou men de rijnsloot langs de dijk en de andere schouwsloten op een wijdte van respectievelijk negen en zeven voet doen ophalen. De meer stroomopwaarts gelegen landerijen konden zich aansluiten, mits daarvoor een overeen te komen bijdrage werd betaald. Wensten de eigenaars dat niet, dan zou de polder worden afgedamd. De overeenkomst werd goedgekeurd door de Gedeputeerde der Staten, zodat betaling van de omslag kon worden afgedwongen van onwilligen.

Aan het eind van de 18e eeuw functioneerde er in de polder Noord-Eemland nog een bestuur van hoofdman en twee heemraden, dat schouw voerde en omslag uitzette voor herstel en onderhoud van de Eemlandse sluis over de percelen nrs 508 t/m 528 van de dijkkaart van 1666 *  . Maar in de jaren daarna is het polderbeheer in het ongerede geraakt, gelijk ook in andere polders in de streek.

Daarom werd in 1832 door de geërfden een schouwreglement vastgesteld om een eind te maken aan de vervallen toestand van sloten, watergangen en sluis, die bij gebrek aan toezicht nauwelijks meer onderhouden werden *  . Er werd een nieuw bestuur ingesteld van twee schouwmeesters, dat tweemaal per jaar schouw zou voeren en dat kleine reparaties aan de sluis direct kon laten uitvoeren (voor grote reparaties was de toestemming van de vergadering van ingelanden nodig). Om de drie jaar werd rekening gedaan en trad het bestuur af. Het blijkt niet of dit reglement goedgekeurd is door de Koning, zodat het ook feitelijk rechtsgeldig was. Het heeft echter wel gefunctioneerd tot de opheffing van de polder in 1864. Ook verder naar het zuiden van Eemland zijn er initiatieven geweest om polderbesturen in te stellen, maar deze zijn alle na korte of langere tijd weer verdwenen.

De geërfden wier landen uitwaterden door de sluizen van Bloemenberch of Blomberg, Grimmesteijn en de sluis van het godshuis van de Armen de Poth te Amersfoort stelden in 1648 een schouwreglement vast voor hun sloten *  . Drie heemraden zouden jaarlijks tweemaal schouw voeren. Twee daarvan werden vast aangesteld, omdat de twee eerstgenoemde sluizen eigenlijk particuliere sluizen waren: de boerderij Blomberg behoorde toe aan het convent van Mariënhove te Amersfoort en ook het erf Grimmesteijn had zijn sluis voor zich alleen. De derde heemraad zou jaarlijks gekozen worden door de geërfden onder de sluis van de Armen de Poth, die gelegen moet hebben bij de percelen dijkkaart van 1666 nrs 544 en 545. Het land van Mariënhove lag bij nr 537, en Grimmesteijn bij nr 538 *  .

In 1660 gaven de Gedeputeerden der Staten van Utrecht toestemming aan schout en gerecht van Eembrugge om een zandpad voor voetgangers te (laten) aanleggen vanaf Blomberg naar de Eembrug, zodat de kinderen 's winters daarover naar de kerk en naar school zouden kunnen gaan. De aangelanden werden verplicht het pad jaarlijks van zand te voorzien onder de schouw van schout en gerecht *  .

Iets ten noorden van de Blombergse sluis lag nog een particuliere sluis, de Zonse sluis, die op de dijkkaart van 1666 staat ingetekend bij nr 536. Bij de Grimmesteinse sluis mondde ook een natuurlijke waterloop uit in de Eem, die verder stroomopwaarts te volgen is langs de kronkelende Lodijk, door de polders De Hond en Het Nieuweland en langs de Calveenseweg, waar hij de Calleveensche beek heette. Deze waterloop vormde in Eemland gedeeltelijk een waterscheiding.

Een aantal landerijen ten zuiden ervan waterde af naar de Neerzeldertse- of Wijde wetering. Dit gebied, circa 200 dammaten, werd vanaf 1659 mede bemalen door de watermolen op de Neerzeldertse wetering, waarvoor omslag werd betaald aan de heemraden van de Haarse- en Zeldertse molens. In 1699, toen de molens al enige jaren waren verdwenen, stelden de geërfden in deze polder een eigen schouwreglement op voor onderhoud en schouw van de Zuid-Eemlandse wetering, de wetering langs De Haar, Borgermaten en Neerzeldert, de ringsloot langs de dijk en de opgaande- en dwarssloten. Hiervoor werd een bestuur van twee heemraden ingesteld *  .

Daarvóór al was er een poging geweest om een polderbestuur te vormen voor geheel Eemland. In 1686 stelden de ingelanden van Eembrugge een willekeur op inzake de schouw van de sloten in de maatlanden en van de kade, het trekpad, schuttingen, duikers, heulen en de sloten in de binnenlanden door drie keurmeesters (een ouderman en twee heemraden) twee maal per jaar te voeren met de schout. De onderhoudskosten van de gemene kade, schuttingen, heulen en duikers kwamen ten laste van de polder *  .

De drie laatstgenoemde schouwbrieven werden goedgekeurd door de Gedeputeerden der Staten van Utrecht en hadden dus rechtskracht. Het is niet bekend of en hoe ze in de praktijk hebben gewerkt. De gegevens over de waterstaatkundige toestand in Eemland in de 18e eeuw zijn (nog) schaars, in de 19e eeuw waren deze besturen kennelijk verdwenen.

Het waterschap Eemland kwam tot stand bij besluit van Provinciale Staten van Utrecht van 19 juli 1864 *  . De burgemeester van Baarn, mr J.C.G.C. Laan had zich ingespannen om de samenvoeging van kleine poldertjes en landerijen tot stand te brengen en hij had daarbij de nodige tegenstand ondervonden, daar de ingelanden bezwaar maakten tegen meebetaling aan het onderhoud van sluizen, waardoor zij niet zelf hun water losten. Dit werd ondervangen door voor het onderhoud van elke sluis een aparte omslag te heffen van de daaronder gelegen landen, die wel alle onder één bestuur werden gebracht. Het bijzonder reglement trad in werking op 1 januari 1865. Het werd enkele malen gewijzigd; de belangrijkste wijziging in 1917 betrof de invoering van een bijzondere omslag in de Kleine Pikmanspolder in verband met de aansluiting van de polder op de bemaling van De Haar.