Zoals bij meer polders het geval was, werd het archief in de 18e eeuw (en waarschijnlijk ook daarvoor) bewaard in een kist ten huize van de rentmeester of van een van de heemraden of mogelijk ook in de Stadsdoelen te Amersfoort *  . In de 19e eeuw werd het overgebracht naar het gemeentehuis van Hoogland, daar de burgemeester toen rentmeester van de polder De Duist was en later tevens voorzitter-secretaris-penningmeester van het waterschap Duist- Nieuweland. Een deel van het archief bevond het zich daar in 1932 nog en dat werd toen met onderdelen van de andere polderarchieven overgedragen aan het waterschap Beoosten de Eem als zijnde de rechtsopvolgende instantie *  .

Wat aan archief is overgebleven, is niet erg omvangrijk. Uit de vroegste tijd is niets aanwezig. Het oudste stuk dateert van 1639. Van werkelijk archief kan eigenlijk pas gesproken worden na 1693, het jaar waarin het resolutieboek aanvangt (inventarisnummer 1). Van een oude orde in het archief was eigenlijk geen sprake. Bij de inventarisatie werd gebruik gemaakt van hetzelfde schema voor indeling van de inventaris - zij het in vereenvoudige vorm - als werd toegepast bij de inventarisatie van het archief van het hoogheemraadschap van de Bunschoter Veen- en Veldendijk, binnen welks omslagplichtig gebied de polder Duist gelegen was.

Uit de bijlagen bij de rekeningen over 1851-1861 werden vernietigbare stukken geselecteerd volgens de Lijst van voor vernietiging in aanmerking komende stukken in de archieven van waterschappen, veenschappen en veenpolders, vastgesteld in 1955. De vernietigbare circulaires van de provinciale- en rijksoverheid e.a., aanwezig in alle waterschapsarchieven, werden verwijderd. Hiervan werd een aparte verzameling gevormd, waarin de stukken in enkelvoud zijn ondergebracht. Het archief heeft thans een omvang van 0,5 m1.