Bij brief van 11 juni 1951 deelde de minister van Justitie aan de per 1 maart van dat jaar opgeheven commissies mee dat de archieven van de commissies op het ministerie konden worden opgeslagen. Aan de Justitiële-Auto-Dienst werd gevraagd het transport te regelen. Dit transport heeft in de daarop volgende weken plaatsgevonden.
Ook aan de andere commissies werd geschreven dat de archieven gezamenlijk zouden komen te berusten in het centraal archief van het ministerie. De archieven van de commissies te Groningen, Rotterdam en Zwolle zijn eind 1951, van de commissies te Maastricht en Eindhoven in 1952 en van de commissies te Amsterdam en 's-Gravenhage in 1954 overgedragen. Ten departemente werden de archieven vervolgens verpakt in dozen en voorzien van een magazijnlijst.

Tijdens de inventarisatie bleken de archieven, waarvan de totale omvang 92 dozen bedraagt, te bestaan uit reeksen klachtendossiers en mappen met losse stukken (hoofdzakelijk correspondentie).
Van enige uniformiteit in de ordening was nauwelijks sprake. De indruk bestaat dat er door het ministerie van Justitie nooit instructies omtrent de opzet van het archief zijn uitgevaardigd. Dit had tot gevolg dat elke secretaris er zijn eigen systeem van archivering op na ging houden.
Algemeen gebruik bij het verwerken van de ingekomen klachten en de naar aanleiding daarvan gevoerde correspondentie, was - gelukkig - het zaaksgewijs ordenen per klacht. Bij de onderlinge ordening van de dossiers echter, waren maar liefst vier verschillende systemen in gebruik:
a. Ordening per vergadering van de tijdens die vergadering afgehandelde klachten (commissie Utrecht),
b. Alfabetische ordening op naam van de klager (commissies Groningen. Zwolle, Eindhoven en Maastricht),
c. Nummering per jaar (commissie Amsterdam en Leeuwarden),
d. Doorlopende nummering van begin tot eind (alle overige commissies).
Bij de inventarisatie is het destijds toegepaste systeem van ordening volledig intact gelaten.

Vier commissies hebben in een aparte agenda de ingekomen klachten naar datum van binnenkomst ingeschreven.
Om de numeriek opgeborgen dossiers toegankelijk te maken is door enkele commissies een klapper vervaardigd, waarin achter de naam van de klager het nummer van het betrokken dossier staat vermeld. Elf commissies hebben het maken van een dergelijke klapper achterwege gelaten, zodat hiervoor door de inventarisator alsnog moest worden zorggedragen.
De mappen met losse stukken bevatten voornamelijk correspondentie over algemene aangelegenheden. Aan een eventueel door de secretaris zelf aangebrachte scheiding in de verzameling correspondentie is zoveel mogelijk de hand gehouden (zie inventaris C.B.C. Breda, inv.nrs 4, 5 en 6).
In de verzameling losse stukken werden voorts bij de meeste commissies aangetroffen de verslagen van de werkzaamheden, die eens per halfjaar moesten worden ingediend bij de minister van Justitie. Het lag voor de hand om deze verslagen onder een apart inventarisnummer op te nemen. Datzelfde geldt voor de stukken betreffende de instelling, samenstelling en opheffing van de commissies, welke stukken - gezien het geringe aantal - per commissie gezamenlijk onder één inventarisnummer werden opgeborgen.

Tenslotte moet, ten aanzien van de aangetroffen losse stukken nog worden gewezen op de verslagen van de bevindingen, die (eind 1950) door de commissies werden toegezonden aan de Algemene Rekenkamer.
De Rekenkamer had van de Tweede Kamer en de minister van Justitie opdracht gekregen een verslag in te dienen van haar werkzaamheden met betrekking tot het beheer, gevoerd door het N.B.I. Ter voorbereiding van dit verslag achtte de Rekenkamer het nuttig gebruik te maken van de gegevens van de commissies. Bij brief van 29-9-1950 maakte zij deze wens aan de commissies kenbaar, waarvan de meesten kort daarop inderdaad een beknopt verslag van de bevindingen aan de Kamer toezonden. Het leek verstandig, deze verslagen als afzonderlijke eenheden in de inventarissen op te nemen.
Uit de archieven zijn slechts vernietigd de stukken betreffende de door de commissieleden bij het ministerie ingediende declaraties (vacatie, overwerk etc.).