Naarmate er meer beheren werden opgeheven, verminderden de activiteiten van de vertegenwoordigingen van het N.B.I., hetgeen tot gevolg had dat reeds in 1950 enkele vertegenwoordigingen werden opgeheven. De aanhangige zaken werden overgedragen aan een andere vertegenwoordiging. De vermindering van het aantal beheren had tot gevolg dat er ook een daling optrad in het aantal binnenkomende klachten. Deze daling, alsmede de wens van de overheid om op de rijksuitgaven te bezuinigen, resulteerde in 1951 in de opheffing van elf kleinere commissies beheersconflicten (waarbij het begrip klein moet worden gerelateerd aan de hoeveelheid ingekomen klachten per commissie). In de maand maart van dat jaar vond de officiële opheffing plaats van de commissies te Leeuwarden, Assen, Zwolle, Enschede, Utrecht, Haarlem, Alkmaar, Goes, Den Bosch, Breda en Venlo. Aan de leden werd eervol ontslag verleend, terwijl in enkele gevallen de secretaris - ter afhandeling van de opheffing - werd gemachtigd om voorlopig nog aan te blijven.
Lopende zaken werden aan een andere commissie ter behandeling overgedragen. De commissie te Assen, sinds 1 januari 1950 al niet meer bevoegd tot het in behandeling nemen van klachten, heeft de op 1 maart 1951 nog lopende zaken overgedragen aan de commissie beheersconflicten te Groningen (nieuw binnengekomen klachten werden direct doorgestuurd). Men was echter bang dat klagers, die in Assen al eens een klacht hadden ingediend, dit bij de commissie in Groningen nog eens zouden proberen. Om hierbij problemen te voorkomen, vervaardigde de Drentse secretaris een opgave van de namen van alle klagers en zond deze aan de commissie in Groningen. Uit de stukken blijkt niet dat dit voorbeeld door andere secretarissen is gevolgd.

Reeds enkele maanden later werden de commissies te Arnhem, Rotterdam en Maastricht opgeheven (per 1 juli 1951), in oktober gevolgd door Groningen en Eindhoven.
Inmiddels was een discussie op gang gekomen, wie de klachten zou moeten afhandelen indien alle commissies zouden worden opgeheven. Uit de voor de hand liggende mogelijkheden: departement van Justitie, een der resterende commissies of het hoofdkantoor van het N.B.I., werd de laatste gekozen.
Dit was evenwel geheel tegen de zin van de nog bestaande commissies, die van mening waren dat het bestaan van de commissies juist was gebaseerd op de neutrale en objectieve behandeling van klachten van burgers ten aanzien van het N.B.I.
Ondanks dit meningsverschil werden de bovengenoemde vijf commissies (opgeheven per 1 juli en 1 oktober) door de minister van Justitie verzocht, de nog lopende zaken ter behandeling over te dragen aan het hoofdkantoor van het N.B.I.
Bij brief van 8 augustus 1951 werd het hoofdkantoor van deze regeling in kennis gesteld en verzocht de van de commissies ontvangen klachten verder zelf af te wikkelen.
Wél bepaalde de minister: "Slechts indien een bepaalde klacht door u gegrond wordt bevonden, doch omtrent een definitieve regeling van het gerezen geschil geen overeenstemming met klager kan worden bereikt ware een zodanige klacht aan mijn ministerie ter beoordeling voor te leggen". De twee overgebleven commissies, die te Amsterdam en 's-Gravenhage werden tenslotte per 1 april 1953 officieel opgeheven.