Organisatorisch kende het Bureau Bijzondere Jeugdzorg (hierna afgekort BBJ) eenzelfde structuur als de afdeling Jeugdzorg, Sectie XIV van het Militair Gezag, met de aanvulling dat in de periode van het Militair Gezag beleid en uitvoering elkaar overlapten en dat in de periode van het BBJ een strikte scheiding bestond tussen beleid (Den Haag) en uitvoering (provinciale inspecties). Centraal vanuit Den Haag werden voorschriften uitgevaardigd en tevens drie landelijke inspecteurs benoemd die ieder in een aantal provincies de werkzaamheden ten behoeve van de opvang van NSB-kinderen coördineerden. Met de zorg voor en het toezicht op de gebouwen en tehuizen voor de Bijzondere Jeugdzorg werd de Rijksgebouwendienst, ressorterend onder het Ministerie van Openbare Werken en Wederopbouw, belast. In de meeste gevallen werd met de eigenaren van de door het Militair Gezag gevorderde huizen een huurovereenkomst gesloten.

Geregeld contact werd onderhouden met het Nederlands Beheersinstituut (NBI) om waar mogelijk de kosten van de opvang van de kinderen te verhalen op het door het NBI beheerde vermogen van gedetineerde ouders.

Van meet af aan was het beleid van het BBJ erop gericht de zorg voor NSB-kinderen over te dragen aan particuliere verenigingen, stichtingen en instellingen werkzaam op het terrein van de justitiële kinderbescherming (circulaire van 14 december 1945, nr. 3001). Bovendien werd een snelle gezinshereniging bevorderd. Terstond na vrijlating van een der ouders moest het kind het tehuis verlaten.

In 1950 werd de administratieve en financiële afwikkeling beëindigd.