De ordening van de archiefstukken in de diverse archieven geschiedde vanaf 1 juli 1948 zaaksgewijs. De hieruit voortkomende dossiers werden geordend volgens de toen bij de Rijkswaterstaat ingevoerde Archiefcode Huisman (zie bijlage 5). De stukken van 1945 tot 1 juli 1948 waren oorspronkelijk rubrieksgewijs geordend, maar werden in 1950 zaaksgewijs herordend. In 1972 werden de archieven van de directie en het arrondissement Rijn en IJssel samengevoegd.

Volgens de instructies voor het personeel van de Rijkswaterstaat was iedere hoofdingenieur-directeur en arrondissementsingenieur verplicht zijn archief in een goede en geordende staat te bewaren. Bij overplaatsing, ontslag en overlijden werd het archief aan de opvolger overgedragen. Van deze overdrachten van (delen van) archieven werden processen-verbaal opgemaakt.

Bij reorganisaties en taakoverdrachten van diensten verhuisden archiefstukken of delen van archieven nogal eens mee. Zo verhuisden in 1933 waarschijnlijk delen van de archieven van de directie Grote Rivieren en haar rivierarrondissementen naar de toen ingestelde directies Bovenrivieren en Benedenrivieren en hun rivierarrondissementen. Alle archief dat zich in 1944 in de rijkswaterstaatsgebouwen bij de Rijnbrug bevond, ging bij de Slag om Arnhem verloren. Alleen de zich elders bevindende archieven van de dienstkringen Nijmegen, Tiel en Zaltbommel ontsprongen de dans.

Verbleven de archieven oorspronkelijk bij de archiefvormers, na de reorganisatie van de directie en de opheffing van de rivierarrondissementen per 16 oktober 1975 werden het archief van het arrondissement Rijn en IJssel, lopend tot 1972, en het archief van het arrondissement Waal, lopend tot 1975, ondergebracht bij het oud-archief van de directie. De archieven van de beide arrondissementen werden in 1981 overgebracht naar het Rijksarchief in Gelderland. Van het archief van de directie werd, na de opheffing van de directie Bovenrivieren in 1986, de helft door de directie Gelderland geplaatst in het hulpdepot Schaarsbergen van de Rijksarchiefdienst. In 1989 werden alle archieven ter bewerking getransporteerd naar de Centrale Archief Selectiedienst (CAS/ITW) te Winschoten.