Het archief van de kelnarij is een typisch voorbeeld van een rentmeestersarchief. Er bevinden zich weinig originele stukken in (waaronder ongeveer 80 charters), doch zeer veel afschriften, en dan vooral betrekking hebbend op het beheer der bezittingen. De belangrijkste archivalia berusten in het Staatsarchief te Münster, waar het archief van het klooster Abdinghof bewaard wordt. Het thans in het Rijksarchief in Gelderland berustende archief van de kelnarij, dat in 1880 en 1883 van het bestuur der Domeinen ontvangen werd, bestaat uit ongeveer 190 "fasciculi" of omslagen, waarin acten, rekeningen en aantekeningen betreffende de verschillende goederen zijn verzameld; verder uit een aantal "tituli", omslagen met gegevens over inkomsten en uitgaven, meest van huishoudelijke aard. Daarnaast zijn er nog enkele registers en enige rekeningen.
De fasciculi waren alphabetisch naar de naam van het goed gerangschikt, doch men vond er ook onder, die een titel droegen: celleraria, cormedalia, decania Veluae, inventaria, impost, placcaten, publicationes diversae, pastoratus Voorthuysanus etc.

Van het archief bestaan twee oude inventarissen. De oudste en uitvoerigste is in 1713-1714 door de kelner Liborius Molitor vervaardigd (inv.no. 327), die zich overigens ook voor de verdere administratie van de kelnarij zeer verdienstelijk heeft gemaakt (cartularium, inv.no. 41; en een lijst van de keurmedigen, inv.no. 258). Hem werd bij de vervaardiging van de inventaris hulp verleend door P. Greg. Storm, die van 7 december 1713 tot 18 februari 1714 hulppastoor te Barneveld was, zoals uit een aantekening op een brief van 18 november 1713 blijkt (inv.no. 12). Zowel de inventaris als de inhoudsopgaven, die zich in ieder fasciculum bevinden, zijn vervaardigd in 1714 of kort vóór dat jaar. Sedert dien zijn er slechts enkele stukken aan het archief toegevoegd, doch deze zijn niet in de inventaris bijgeschreven en evenmin in de inhoudsopgaven van ieder fasciculum vermeld. Daar er geen veranderingen in het bezit mogelijk waren - slechts bij hoge uitzondering werd door de Staten toegestaan, dat de kelnarij in 1768 twee kampen land, de twee halve Koornstege, nabij de kelnarij, aankocht (inv.no. 102) - bleef gedurende de 18e eeuw de indeling van het archief vrijwel ongewijzigd.

Bij de overname door het bestuur der Domeinen werd in 1803 een nieuwe inventaris, of eerder een lijst van fasciculi opgesteld (inv.no. 42). Tevens werden de fasciculi toen van nummers voorzien. De volgorde bleef niet geheel dezelfde, daar de toenmalige vervaardiger van de inventaris, in afwijking met die van Molitor, goederen met namen als Aert Wolfsengoed onder de letter W plaatste en niet onder de letter A. Daar dergelijke namen vrij veelvuldig voorkomen, veroorzaakte dit een algehele verschuiving. Bovendien schijnt de inventarisator zeer vluchtig te werk te zijn gegaan, waardoor in sommige gevallen een ondernummering met letters noodzakelijk werd (bijvoorbeeld 15a, 15b, 15c, enz.). Bij nr. 173 treft met zelfs nr. 173 1 aan. De nummering zet hij voort in de afdeling der tituli, doch blijft dan daar midden in steken (tot nr. 192, einde van de tituli acceptorum, hierop volgen nog de tituli expositorum, 23 stuks).
Uit de inventaris van 1803 ziet men, dat toen reeds een deel van het archief der kelnarij ontbrak, zo bijvoorbeeld alle fasciculi van goederen met namen beginnende met de letter M, welke dan ook niet in de inventaris van 1803 zijn opgenomen. * 
Sinds 1803 is er geen wijziging meer in de indeling van het archief der kelnarij aangebracht en dit bevond zich vóór de huidige inventarisatie nog in de toestand van dat jaar.

Daar bij het inventariseren steeds de toestand van het archief voor ogen moet worden gehouden, toen de instelling, waarvan het archief de neerslag is, nog leefde, en aangezien bovendien er slechts zeer geringe toevoegingen zijn geschied na het werk van de kelner Liborius Molitor, heb ik gemeend uit een zeker "respect des fonds" de oude volgorde van 1714 te moeten herstellen. De uitgebreide inventaris van Molitor is echter weinig geschikt om een moderne gebruiker een overzicht te geven van de inhoud van het archief. Om deze reden is een nieuwe inventaris vervaardigd. Bij ieder nummer is in een noot de plaats in de inventaris Molitor, met verwijzing naar de bladzijden) opgegeven. Dit is de plaats, waarop het stuk in het archief staat. Er is bovendien opgegeven, welke stukken sinds 1714 zijn toegevoegd en welke in Molitor's inventaris genoemd worden, doch thans ontbreken. Volledigheidshalve is ook nog het nummer van de inventaris van 1803 vermeld.
In de bijlage treft met een korte inhoudsopgave van de inventaris-Molitor aan, waarachter de nummers van de nieuwe inventaris zijn opgegeven. De archivalia die niet in de inventaris-Molitor vermeld zijn (zie bijlage), zijn gerangschikt overeenkomstig de volgorde van de nieuwe inventaris. Hoofdzakelijk zijn dit de registers, de liggers, de rekeningen en de stukken van de overdracht in 1803 en het beheer tot 1811. Verder nog enige aanwinsten gedurende de 19e eeuw, waaronder een charter, dat reeds vóór 1803 verdwenen was (inv.no. 192). In het archief zijn nog enkele stukken gevonden van fasciculi beginnende met de letter M, welke reeds in 1803 ontbraken. Zo behoeft de hoop nog niet opgegeven te worden, dat op de duur het archief nog met de overige ontbrekende stukken aangevuld kan worden.

Aan de inventaris is toegevoegd een lijst van regesten, waarvoor als eindpunt is gekozen 1559 october 30, de dag, waarop de goederen van de proost van Werden in het bezit van de abt van Paderborn zijn gekomen. Dit was de belangrijkste vermeerdering van het bezit gedurende het gehele bestaan der kelnarij. Daar de politieke gebeurtenissen de kelnarij slechts zeer ter zijde beroerden, althans geen sporen in het archief hebben nagelaten, en daar de kelnarij vooral diende tot het beheer der goederen, lag het voor de hand de regestenlijst te beëindigen op een tijdstip, dat vanuit administratief oogpunt voor de kelnarij hoogst belangrijk was.
Nadat deze inventaris reeds voltooid was, bleken in een collectie stukken, afkomstig uit het archief der parochie Putten, zich nog archivalia te bevinden, welke tot het archief van de kelnarij behoorden. De hereniging van deze stukken met het kelnarij-archief maakte enige, minder fraaie, invoegingen in inventaris-nummers en regesten noodzakelijk. Ook de nieuwe nummers zijn geïndiceerd.
De stukken die vroeger geen deel van het kelnarij-archief hebben uitgemaakt, waren afzonderlijk beschreven in een "Inventaris van een collectie stukken, afkomstig uit het archief der parochie Putten" m.s. (1947).
In het archief van de parochie Putten bevonden zich mede stukken die op de Overijsselse geslachten Glauwe en Cramer betrekking hebben. Deze worden bewaard in het Rijksarchief in Overijssel.