Het middeleeuwse stadsarchief, dat in het raadhuis werd bewaard, ging in 1527 grotendeels door brand verloren. In de jaren daarna heeft men in processen-verbaal zo goed mogelijk vastgelegd, hetgeen oud-bestuurders en ambtenaren zich van de waarmerken der charters en de inhoud der stedelijke privileges herinnerden. Bewaard gebleven documenten van vóór de brand zijn thuis bewaard door bestuurders, afkomstig van elders gehuisveste stadsinstellingen, of verworven uit particulier bezit als retroacte of obligatie e.d.. In het oudste 'Burgerboek' zijn nog gegevens van verpachtingen 1461-1467 en 1519-1527 meegebonden. Het stadsbestuur van Terborg kon in 1612 voor de Doetinchemse magistraat nog een vidimus opmaken van bescheiden betreffende het plaatselijke visrecht en de stadsvisserijen vanaf 1464 (SARA 0539, inv.nr. 2072). Het oudste keurboek werd in 1558 door stadssecretaris Hartger ten Holt gereconstrueerd. Het was overigens niet ongewoon, dat bescheiden bij bestuurders thuis werden bewaard of bleven liggen, zoals uit lijsten van terug ontvangen stukken blijkt.
In 1896 werd het oud archief door de gemeente Stad Doetinchem in bewaring gegeven bij het Gelderse Rijksarchief te Arnhem en heeft aldus de verwoesting van het Doetinchemse raadhuis in maart 1945 overleefd. In 1981 werd dit bestand overgedragen aan het streekarchivariaat Oost-Gelderland te Doetinchem, thans Erfgoedcentrum Achterhoek en Liemers.

De archieven van de stad Doetinchem en het gelijknamige richterambt vertoonden een zekere mate van verwevenheid m.b.t. bestuurlijke aangelegenheden. Burgemeesters van de stad waren vaak tevens richters van het Ambt. Vergaderingen van het ambtsbestuur vonden van oudsher in de stad plaats. De jaarlijkse rekeningen van de beurder der Verponding van beider grondgebied werden in de stad op het raadhuis afgehoord. In de bestanden van zowel stad als richterambt zijn verpondingsbescheiden vermengd aangetroffen. Deze zijn afgesplitst en in de respectieve bestanden teruggeplaatst.

Als aangetroffen afgedwaalde stukken uit andere archieven zijn overgebracht en teruggeplaatst: (1) in bestand SARA 0885 Richterambt Doetinchem, rubrieken 'Gedeponeerde stukken' en 'Aanvulling', de inv.nrs. 78-96; (2) in bestand SARA 0579 Bewaarschool "Vrouwe de Bruijn" twee inv.nrs.; (3) in bestand SARA 0262 Gemeentebestuur van Stad Doetinchem, rubriek 'Aanvulling-2', de inv.nrs. 243-422.

In het bestand SARA 0885 Richterambt Doetinchem zijn bescheiden aangetroffen van: (1) de magistraat van Stad Doetinchem, die gelden beheerde, bestemd voor het Kwartier van Zutphen, wegens de afdracht van de verponding en de aflossing van zg. 'ostagegeld' (losgeld voor gegijzelde burgers). Blijkens kwitanties werden uit deze kassen gelden tijdelijk benut voor onvoorziene uitgaven en voorschotten. Deze bescheiden zijn terug geplaatst, zie Financiële hulpadministratie, inv.nr. 1190; (2) de Commissie van Toezicht in het 3e District Kwartier van Zutphen (financiën).

Gedeponeerde archieven: (1) Het Gasthuis: dit was een stedelijke instelling waarvan de gasthuismeesters werden benoemd door het stadsbestuur, waaraan deze rekening en verantwoording verschuldigd waren. Een lid van de magistraat fungeerde als oppergasthuismeester. De charters van het Gasthuis zijn merendeels uit de chartercollectie gelicht en overgebracht naar het Gasthuisbestand. (2) De vicarieën: het stadsbestuur bezat een tiental van deze geestelijke instellingen, waaraan onroerend goed en renten verbonden waren. Enkele stichtingsbrieven zijn nog in het stadsarchief aanwezig. De akten betreffende de inkomsten van deze vicarieën werden echter sedert de Reformatie beheerd door de rentmeester van de geestelijke goederen in het Rentambt Doetinchem. Diens administratie berust in het archief van de Gedeputeerden van het Kwartier van Zutphen in het Gelders Archief te Arnhem. (3) Het Augustijner convent te Wesel (D): Dit klooster bezat een huis te Doetinchem, dat werd beheerd door een priester.

Volgens dr. A.J. Maris, voormalig hoofd-chartermeester van het Gelderse Rijksarchief, is dit pand na de Reformatie mogelijk aan de stad vervallen en zouden deze stukken dan als depot zijn te beschouwen. (4) De schuttersgilden: Oorspronkelijk waren de burgers actief betrokken bij de bewaking en verdediging van de stad. Zij waren daartoe in schuttersgilden georganiseerd, werden door de stad gesubsidieerd en stonden onder bevel van de magistraat, die ook toezicht hield op het beheer van financiën e.d. (5) De ambachtsgilden: de reglementen van deze gilden werden door het stadsbestuur vastgesteld. Waarschijnlijk zijn de archivalia in 1798 tengevolge van de verplichte opheffing van de ambachtsgilden in het stadsarchief terecht gekomen. Het gildeboek van het Weversgilde werd in dat jaar afgesloten. De herziene reglementen van 1808 berustten weliswaar op een wettelijke grondslag, maar zijn destijds hangende de politieke ontwikkelingen niet ingevoerd.

Het beginjaar van het hoofdbestand is ontleend aan het oudste aanwezige charter van 1341. De cesuur van het bestand lag sedert de inventarisatie in 1858 door P. Nijhoff bij het eindjaar 1815. Bij de huidige inventarisatie is 1811 als eindjaar aangenomen, aangezien de stad in maart 1811 een bestuurlijke reorganisatie onderging. Stukken uit de periode 1811-1815 zijn derhalve afgesplitst en overgebracht naar het incomplete bestand 0262 Gemeentebestuur van Stad Doetinchem (1811-1919). De cesuur van het hoofdbestand is overschreden bij de gedeponeerde archieven van het gilde van Eendragt (t/m 1885) en het gilde van Vreede (t/m 1833), die in 1906 en 1907 zijn toegevoegd. Aangezien deze gilden en hun voorgangers oorspronkelijk onder bevel en toezicht van de magistraat stonden, is deze aanvulling gehandhaafd. Deze overschrijding van de cesuur is niet in de datering van het hoofdbestand opgenomen om misverstanden te voorkomen.