In 1646 werd het kasteel te Bredevoort verwoest tengevolge van blikseminslag in de kruittoren. Het is mogelijk, dat daarbij archiefstukken zijn verloren gegaan. Het duurde ruim 50 jaar, eer nieuwe huisvesting werd gerealiseerd. Deze omstandigheid zal er waarschijnlijk mede toe hebben bijgedragen, dat veel stukken uit deze tussenliggende periode in de persoonlijke archieven van bestuursambtenaren terechtkwamen. In 1699 verrees aan de Landstraat te Bredevoort een nieuwe kanselarij, het Ambtshuis. Het aldaar aanwezige archief werd na de Bataafse Omwenteling in 1795 in beslag genomen op last van het nieuwe bewind en na inventarisatie onder beheer gesteld van de secretaris van de municipaliteit van Aalten. Zoals bovenvermeld droeg de secretaris van Aalten in 1813 een deel van het Bredevoortse archief over aan de Gemeente Winterswijk. In de gemeente Aalten doet het verhaal de ronde, dat omstreeks 1950 bij de afbraak van het huis, waarin vroeger de Landschrijver te Bokkel had gewoond, een vrachtwagen vol oude papieren naar de vuilnisbelt is gegaan. Een ander deel van de kanselarijadministratie, onder beheer verbleven van de Bredevoortse Rentmeester J.B. Roelvink, bevond zich op de zolder van een voormalig notarispand te Winterswijk en is in 1985 helaas achteloos vernietigd. Daarvan resterende stukken bevinden zich thans in de bovengenoemde collecties Hesselink en Vermeij.

Waarschijnlijk hebben de geërfden van Aalten, Dinxperlo en Winterswijk nooit een eigen archief gevormd. Van de geërfdenprotocollen is bekend, dat zij in de 18e eeuw berustten onder de Landschrijver. Het is mogelijk, dat de geërfden en rotmeesters van Bredevoort wel een eigen archief hebben gevormd. Het protocol, dat hier berustte onder de rotmeesters, is echter niet bewaard gebleven. Volgens voormelde beschrijving van de bestuurlijke organisatie uit 1798, zou oorspronkelijk ook het gildeboek van het St. Michaëls- of Weversgilde te Winterswijk op het Ambtshuis zijn bewaard. De Gildebrief, die thans nog sporen vertoont van bewaring in een loketkast, bevond zich daar vermoedelijk wel. Alle gildenbezittingen werden in 1798 onder beheer gesteld van de daartoe door het Bataafs bewind aangewezen Commissarissen van het Weversgilde te Winterswijk. Aangezien deze functionarissen rekenplichtig werden aan het nieuwe gemeentebestuur, behoort dit gildenarchief thans tot de bestanden van de Gemeente Winterswijk.
Ten gevolge van fusie van plaatselijke provisorieën en diaconieën in de 19e eeuw zijn voorts provisoriebescheiden in de archieven van de plaatselijke Hervormde gemeenten van Aalten, Bredevoort en Dinxperlo terechtgekomen.