Op 31 december 1931 werd een nieuwe stichting "Stads- en academisch Ziekenhuis" opgericht, waarin het algemeen ziekenhuis en de Rijksklinieken werden opgenomen. Doelstelling en middel om dit doel te bereiken waren gelijk aan die van de eerdere stichtingen: voorzien in ziekenhuisverpleging en wat daarmee verband houdt zowel ten dienste van het universitair medisch onderwijs als ten dienste van de gemeente. De gebouwen waarover de stichting kon beschikken waren eigendom van ofwel de gemeente, ofwel het Rijk. Het bestuur was verantwoordelijk voor beheer en exploitatie van het ziekenhuis, de hoogleraren droegen zorg voor de geneeskundige behandeling van de zieken. On- en minvermogende patiënten uit de gemeente Utrecht moesten kosteloos in het ziekenhuis opgenomen worden.
Het bestuur werd ingekrompen tot zes leden, aan te wijzen door de diverse belanghebbenden. Het personeel van het ziekenhuis was voor een deel in dienst van de stichting, voor een ander deel in dienst van het Rijk, bijvoorbeeld de medische staf en het vaste laboratoriumpersoneel.
De leiding van het ziekenhuis was tweehoofdig. Directeur dr. G. Fabius kreeg de leiding van het ziekenhuis en was geneesheer van het personeel. Ook de opleiding van de verplegenden behoorde tot zijn taak. Bestuurssecretaris Leydesdorff was als rentmeester verantwoordelijk voor het administratieve en geldelijke beheer van de stichting.
In 1938 werd Leydesdorff na het ontslag van directeur Fabius benoemd tot directeur-secretaris. De rentmeestersfunctie ging hierin op. De medische directeurszaken werden opgedragen aan een 'geneesheer' voor de keuringen en de verpleegsterszaken. In deze functie werd dr. Hulst benoemd.

In de jaren dertig hadden constant verbouwingen en aanpassingen plaats om het ziekenhuis aan te passen aan de eisen van de tijd. Konden eerdere gebouwen nog vrij zorgeloos neergezet worden in de ooit ruim bemeten tuin van het ziekenhuis, nu moest gezocht worden naar een plekje voor nog een gebouw. Het ziekenhuis was een wereld op zichzelf: voor de ondersteuning van het primaire proces van de ziekenverzorging stonden een technische dienst met eigen werkplaatsen, keukens, een wasserij en een huishoudelijke dienst klaar. Ook was er een administratieve dienst die de directeur assisteerde bij de uitvoering van zijn taken.
In deze periode werden op instigatie van de hoogleraren talrijke medische apparaten aangekocht, waarmee moderne behandelingen konden worden toegepast, zoals diathermie, "physische therapie" en finsentherapie. Ook röntgenafdelingen en operatiekamers werden gemoderniseerd.
De verzorging van de patiënten werd eveneens uitgebreid. Naast medische zorg kwam er meer aandacht voor sociale zorg. Al in 1929 was de Sociale Dienst opgericht *  . Deze dienst verrichtte maatschappelijk werk. Ook kwamen er diverse advies- en consultatiebureaus bij, die niet allemaal een lang leven beschoren waren *  .

Als gemeentelijke instelling had het ziekenhuis de plicht min- en onvermogende patiënten kosteloos op te nemen en te behandelen. Deze patiënten vormden het 'onderwijsmateriaal' ten behoeve van de universiteit, maar mochten volgens de akte van oprichting niet tegen hun zin gedemonstreerd worden aan de medische studenten. De meer gegoede zieken lieten zich niet zo vaak opnemen in het ziekenhuis aan de Catharijnesingel. Om toch meer van deze profijtelijke categorie patiënten in het ziekenhuis te krijgen, werden aparte klassenafdelingen ingericht, met ruimere kamers, beter eten en langere bezoekuren *  .